数据集概述
本数据集为论文的补充数据，聚焦APOE亚型对阿尔茨海默病异种移植模型中人类小胶质细胞转录组和表观组特征的影响。包含七份文件，涵盖RNA-seq与ATAC-seq质量控制、差异表达基因、基因集分析、差异可及性区域、遗传力分析、通路富集及基序富集等结果，支撑APOE亚型相关分子机制研究。
文件详解
- Supplementary_Table1_QC.xls
- 文件格式：XLS
- 字段映射介绍：包含RNA-seq数据质量控制指标和ATAC-seq数据质量控制指标两个表格
- Supplementary_Table2_DEGs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含APOE2 vs APOE3、APOE4 vs APOE3、APOE4 vs APOE2、APOE-KO vs APOE3四组比较的DeSeq2差异表达分析结果
- Supplementary_Table3_MAGMA_geneset_analysis_res.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含差异表达基因（FDR < 0.05）与三个独立阿尔茨海默病全基因组关联研究（GWAS）的MAGMA基因集分析结果，字段包括VARIABLE、NGENES、BETA、BETA_STD、SE、P、fdr、GWAS等
- Supplementary_Table4_DARs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含APOE2 vs APOE3、APOE4 vs APOE3、APOE4 vs APOE2、APOE-KO vs APOE3四组比较的DeSeq2差异染色质可及性分析结果
- Supplementary_Table5_sLDSC_res.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含ATAC-seq峰共识集与阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍、肌萎缩侧索硬化症三个脑疾病GWAS的s-LDSC分析结果，字段包括Category、Prop._SNPs、Prop._h2、Enrichment、Enrichment_p等
- Supplementary_Table6_WGCNA_clusterProfiler_pathway_enrichment.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含WGCNA识别的两个在APOE2表达小胶质细胞中显著上调的模块的通路富集结果
- Supplementary_Table7_homer_motifEnrichment_res.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含APOE2 vs APOE3、APOE4 vs APOE3、APOE4 vs APOE2三组比较中染色质可及性增加和减少的前100个峰的Homer基序富集分析结果
数据来源
论文“The APOE isoforms differentially shape the transcriptomic and epigenomic landscapes of human microglia in a xenotransplantation model of Alzheimer's disease”
适用场景
- 阿尔茨海默病分子机制研究: 分析APOE亚型对小胶质细胞转录组和表观组的调控作用
- 神经免疫研究: 探究小胶质细胞在APOE亚型影响下的功能变化
- 脑疾病遗传关联分析: 利用s-LDSC结果研究阿尔茨海默病等脑疾病的遗传力与染色质可及性的关联
- 药物靶点发现: 基于差异表达基因和通路富集结果筛选潜在治疗靶点
- 表观遗传调控研究: 通过基序富集分析识别调控APOE亚型相关染色质可及性变化的转录因子
