数据集概述
本数据集围绕天竺鲷科鱼类的视觉系统适应性展开，包含28种大堡礁天竺鲷的视网膜转录组测序数据、视蛋白基因表达分析及光谱敏感性预测结果，结合7个物种的显微分光光度法测量数据，探究其昼夜活动模式下的视觉基因多样性与进化适应特征。
文件详解
- 基因序列文件（.fasta格式，共6个）
- 文件名称：paml_sws2aa_alignment.fasta、paml_lws_alignment.fasta、paml_rh2b-1_alignment.fasta、paml_rh1_alignment.fasta、paml_rh2a-1_alignment.fasta、paml_sws2ab_alignment.fasta
- 内容说明：不同视蛋白基因（SWS2、LWS、RH2B、RH1等）的氨基酸序列比对文件，用于进化分析
- 基因多样性分析文件（.xlsx格式，共5个）
- 文件名称：Apogon_genediversity_RH2Bs.xlsx、Apogon_genediversity_SWS2As.xlsx、Apogon_genediversity_RH2As.xlsx、Apogon_genediversity_LWS.xlsx
- 内容说明：各视蛋白基因家族（RH2B、SWS2A、RH2A、LWS等）的多样性统计数据
- 系统发育分析文件
- 文件名称：Apogon_and_reference_opsins_tree.newick（Newick格式）、Apogon_and_reference_opsins_alignment.phy（Phy格式）
- 内容说明：天竺鲷科与参考物种视蛋白基因的系统发育树及序列比对文件
- 转录组原始数据文件
- 文件名称：apogon_retinal_transcriptome_raw_reads.csv（CSV格式）
- 字段说明：包含物种、样本、属、族分类信息，以及各类视蛋白基因（SWS2B、SWS2AA、RH2B1等）的reads计数、总reads数及基因长度数据
- 数据分析代码文件
- 文件名称：Apogon_opsin_expression.R（R格式）
- 内容说明：用于分析视蛋白基因表达模式的R语言脚本
数据来源
论文“Cardinalfishes (Apogonidae) show visual system adaptations typical of nocturnally and diurnally active fish”
适用场景
- 鱼类视觉进化研究：分析天竺鲷科鱼类视蛋白基因的多样性与昼夜活动模式的适应性关联
- 基因表达模式分析：利用转录组数据探究不同物种视蛋白基因的表达差异及调控机制
- 系统发育分析：基于视蛋白基因序列构建天竺鲷科鱼类的进化关系树
- 生物适应性机制研究：结合光谱敏感性预测与行为学数据，揭示鱼类视觉系统对环境光的适应策略
- 比较基因组学研究：与其他珊瑚礁鱼类的视觉基因数据进行跨类群比较分析
