数据集概述
本数据集基于拟南芥RNA-seq数据，研究基因重复事件后可变剪接模式在重复基因间的保守性与分化程度。包含全基因组重复（alpha）和串联重复基因的可变剪接事件定性、定量分化情况，以及可变剪接诱导的无义介导降解（NMD）分化分析结果，共2个文件。
文件详解
- README_for_Github_Dryad_repo.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：包含分析脚本说明，记录Tack et al. 2014年研究的拟南芥RNA-seq数据处理流程，涉及可变剪接事件与组成型剪接的读段计数、数据过滤及分析步骤，覆盖3个生物学重复。
- Github_Dryad_repo.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包，包含RNA-seq数据对齐后的可变剪接事件读段计数数据、分析脚本等相关文件，支持重复基因可变剪接分化的复现分析。
数据来源
论文“Transcriptome analysis indicates considerable divergence in alternative splicing between duplicated genes in Arabidopsis thaliana”
适用场景
- 植物基因重复进化研究：分析全基因组重复与串联重复基因的可变剪接分化模式，探究新功能化或亚功能化机制。
- 可变剪接保守性分析：比较重复基因间可变剪接事件的定性、定量保守程度，研究祖先剪接形式丢失及新剪接形式获得的规律。
- 无义介导降解（NMD）分化研究：利用NMD突变体RNA-seq数据，分析重复基因可变剪接诱导的NMD分化情况。
- 基因表达调控机制研究：探讨可变剪接分化作为调节重复基因表达水平差异的潜在机制。
