数据集概述
本数据集为视紫红质3（archaerhodopsin-3）的结构建模与光学性质计算相关数据，包含I-TASSER建模的输入文件、输出结果、后处理脚本、光谱计算输入文件及最终结构文件，支持光遗传学应用中电压依赖性荧光指示剂的研究。
文件详解
- 输入文件
- 文件名称：seq.fasta、P96787_1UAZ.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：I-TASSER套件的输入文件，包含视紫红质3的序列信息及结构约束信息
- I-TASSER输出文件
- 文件名称：P96787_1UAZ_IT.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：视紫红质3最佳预测结果的压缩包，包含I-TASSER建模输出内容
- 后处理脚本文件
- 文件名称：SCRIPTS_GENERAL.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：结构后处理脚本压缩包，包含氢原子添加、发色团插入与平衡、内部水添加等脚本
- 光谱计算输入文件
- 文件名称：rhodopsin_gaussian.inp、rhodopsin_orca.inp
- 文件格式：INP
- 字段映射介绍：光谱计算输入文件，分别用于Gaussian和Orca软件的光谱计算
- 最终结构文件
- 文件名称：P96787_wi.pdb
- 文件格式：PDB
- 字段映射介绍：最终制备的视紫红质3结构文件
- 说明文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：数据集说明文件，包含I-TASSER运行命令及文件说明
适用场景
- 蛋白质结构预测研究：用于视紫红质3的结构建模及预测结果分析
- 光遗传学应用开发：分析视紫红质3的光学性质，支持电压依赖性荧光指示剂的设计
- 生物信息学建模：验证I-TASSER套件在蛋白质结构预测中的应用效果
- 光谱计算研究：利用Gaussian和Orca软件进行视紫红质3的光谱性质分析
- 蛋白质结构后处理：通过脚本实现蛋白质结构的氢原子添加、发色团插入等后处理操作
