数据集概述
本数据集记录藜麦（Chenopodium quinoa Willd.）叶与茎尖分生组织在光周期和发育过程中的转录组信息，包含光周期敏感与不敏感材料的基因表达差异，涉及222个光周期响应叶基因、1812个长日条件下材料差异叶基因、57个短日条件下发育响应叶基因及911个茎尖分生组织成花转变响应基因，可用于藜麦开花时间调控机制研究。
文件详解
- 样本描述文件
- 文件名称：RNA-seq_Sample-Description.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：记录72个RNA-seq样本的基本信息，支持样本背景与实验设计关联
- 生物信息学流程文件
- 文件名称：Bioinformatic_pipeline.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：描述转录组分析的技术流程，含数据处理与差异基因筛选步骤
- 说明文档
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集整体说明，含数据来源DOI、基因模型背景及CPM矩阵定义
- 转录本序列文件
- 文件名称：transcripts.fa、transcripts.fa.tar.gz
- 文件格式：FA、GZ
- 字段映射介绍：存储藜麦转录本序列，tar.gz为压缩格式便于传输
- 差异基因分析脚本
- 文件名称：R_Script_DEG_analysis_and_MDS_plots.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于差异基因分析及MDS可视化的R代码
- 基因表达矩阵文件
- 文件名称：gene_matrix_meristem.txt、gene_matrix_leaf.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：分别记录茎尖分生组织、叶组织的基因CPM表达量，含基因ID与样本表达值列
- 基因转录本关联文件
- 文件名称：gene2transcript.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：提供基因与转录本的对应关系映射
- 组装注释文件
- 文件名称：merged_assembly.gff
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：包含藜麦转录组组装的基因结构注释信息
数据来源
论文“Leaf and shoot apical meristem transcriptomes of quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) in response to photoperiod and plant development”（DOI: 10.5061/dryad.2rbnzs7w3）
适用场景
- 藜麦开花调控机制研究: 分析FT、SOC1等候选基因在光周期与发育过程中的表达模式
- 光周期响应基因功能验证: 筛选光周期敏感材料的差异表达基因，指导功能验证实验
- 藜麦分子育种应用: 挖掘成花转变关键基因的优异单倍型，辅助适应性品种培育
- 植物转录组分析方法优化: 参考生物信息学流程与R脚本，完善同类作物转录组分析方案
