数据集概述
本数据集包含莱茵衣藻12株野外分离株和8株实验室常用菌株的全基因组重测序数据，用于表征其基因组多样性，支持自然变异研究。数据显示莱茵衣藻是真核生物中多样性最高的物种之一，核苷酸多样性约为百分之三，北美地理种群存在结构分化与混合迹象。数据集共包含十一份文件，涉及基因功能保守性、实验室菌株多态性模式等分析内容。
文件详解
- TXT文件（7个，占比百分之六十三点六四）
- 文件名称：tpc00492_SupplementalDS2.txt、tpc00492_SupplementalDS3.txt、tpc00492_SupplementalDS4.txt、tpc00492_SupplementalDS6.txt、tpc00492_SupplementalDS8.txt、tpc00492_SupplementalDS10.txt等
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：以tpc00492_SupplementalDS2.txt为例，包含chr_type（染色体类型）、SV_type（结构变异类型）、BAL_type（平衡类型）、chromosome1（染色体1）、start1-end1（位置区间1）、average_dist（平均距离）、chromosome2（染色体2）、start2-end2（位置区间2）、nb_pairs（配对数量）、score_strand（链得分）等字段
- CSV文件（3个，占比百分之二十七点二七）
- 文件名称：tpc00492_SupplementalDS5.csv、tpc00492_SupplementalDS7.csv、tpc00492_SupplementalDS11.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：以tpc00492_SupplementalDS5.csv为例，包含Gene ID（基因ID）、Transcript ID（转录本ID）、Chromosome（染色体）、Position（位置）、Reference（参考序列）、Alternate（变异序列）、Mutation（突变类型）、CR1009等菌株样本列；以tpc00492_SupplementalDS11.csv为例，包含Chromosome（染色体）、Start（起始位置）、End（终止位置）、CR2342等菌株样本列
- XLSX文件（1个，占比百分之九点零九）
- 文件名称：tpc00492_SupplementalDS1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：补充表格文件，具体字段未明确预览，推测包含基因组多样性相关的结构化统计数据
数据来源
论文“Whole genome resequencing reveals extensive natural variation in the model green alga Chlamydomonas reinhardtii”（Flowers et al. 2015, Plant Cell）
适用场景
- 基因组多样性研究：分析莱茵衣藻野外株与实验室株的核苷酸多样性、地理种群结构及混合模式
- 基因功能保守性分析：探究核心细胞功能基因与大基因家族/未表征基因的突变发生率差异
- 实验室菌株演化研究：解析实验室培养条件下菌株的基因组多态性、大片段重复/扩增特征
- 遗传资源挖掘：利用自然变异数据筛选功能基因研究及数量性状解析的候选等位基因
- 结构变异分析：基于重测序数据研究莱茵衣藻染色体结构变异类型与分布规律
