数据集概述
本数据集围绕柑橘杂交、驯化及多样化过程中的细胞质核冲突遗传基础展开，包含184份样本的叶绿体、线粒体及核基因组变异图谱，线粒体异质性分析序列，基因表达归一化数据，GWAS分析文件，基因注释结果及基因组组装文件等，共14个文件，为柑橘细胞质核互作机制研究提供全面数据支撑。
文件详解
- 基因组变异图谱类
- 文件名称：184.cp.variations.map.vcf.zip
- 文件格式：ZIP（内含VCF）
- 字段映射介绍：184份样本的叶绿体变异图谱
- 文件名称：184.mt.variations.map.vcf.zip
- 文件格式：ZIP（内含VCF）
- 字段映射介绍：184份样本的线粒体变异图谱
- 文件名称：nuclear.variation.map.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：核基因组变异图谱
- 文件名称：LD.purning.nuclear.variation.map.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：用于群体历史分析的LD修剪后核变异图谱
- 文件名称：GWAS-LD.linked.input.gwas.vcf.gz
- 文件格式：VCF.GZ
- 字段映射介绍：GWAS分析用的LD连锁变异数据
- 线粒体分析类
- 文件名称：aligment1.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：葡萄柚、甜橙、酸橙组线粒体异质性分析序列
- 文件名称：aligment2.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：柠檬组线粒体异质性分析序列
- 文件名称：coverage depth of 184 short reads samples.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：184份样本线粒体变异图谱中BAM文件的覆盖深度数据
- 文件名称：Fortunella hindsii mitochondrial genome.gb
- 文件格式：GB
- 字段映射介绍：金橘参考线粒体基因组的保守蛋白注释
- 文件名称：normalization.RNA-seqs.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：线粒体基因组表达量归一化数据，含样本ID及对应表达值
- 文件名称：pan-genome and aligned mitochondrial genomes.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：线粒体泛基因组（.fa和.gfa格式）及比对后的线粒体基因组
- 文件名称：scaffold-assemblies.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：线粒体基因组组装 scaffold
- 基因注释与GWAS类
- 文件名称：ORFs annotation based on Augustus.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：使用Augustus工具进行的基因结构注释
- 文件名称：GWAS-118.samples.input.phenotype.for GWAS.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：GWAS分析用的118份样本表型输入文件
适用场景
- 柑橘细胞质核冲突机制研究: 分析叶绿体、线粒体与核基因组的互作及冲突模式
- 柑橘驯化与多样化遗传分析: 基于基因组变异图谱探究柑橘驯化过程中的遗传变化
- 线粒体异质性研究: 利用序列比对文件分析不同柑橘类群的线粒体异质性特征
- 基因表达调控分析: 通过线粒体基因表达归一化数据研究细胞质基因表达模式
- 全基因组关联分析（GWAS）: 使用GWAS输入文件开展柑橘表型相关遗传位点定位
- 柑橘分子育种应用: 基于核与细胞质基因组变异数据开发分子标记辅助育种工具
