数据集概述
本数据集围绕刺胞动物门(包括珊瑚虫纲和水螅纲)的微卫星丰度展开研究,分析11个物种的微卫星基序分布、系统发育关系及共生/非共生状态对基因组的影响。包含微卫星搜索结果、系统发育树、蛋白质序列及分析说明,共4个文件,支持基因组进化与共生关系研究。
文件详解
- README_for_ScirokoResultsAll.rtf
- 文件格式:RTF
- 字段映射介绍:记录使用SciRoKo程序进行微卫星搜索的参数设置(如错配搜索模式、固定惩罚、最低得分15等)及结果说明,为理解数据生成过程提供背景。
- ScirokoResultsAll.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:存储微卫星搜索的核心结果,包含不同物种的微卫星基序类型(三核苷酸、四核苷酸等)、丰度统计及相关分析数据。
- CnidarianProtein.nex
- 文件格式:NEX
- 字段映射介绍:刺胞动物门物种的蛋白质序列数据,用于系统发育分析或基因组相关研究的序列比对参考。
- Figure5_CnidarianTreeNewick.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:以Newick格式存储的刺胞动物门系统发育树数据,包含物种分支及进化距离(如Hydra、M.alcicornis等物种的分支长度)。
适用场景
- 刺胞动物门基因组进化研究:分析微卫星丰度与物种系统发育的关联,探究基因组突变模式。
- 共生关系对基因组的影响研究:比较共生/非共生刺胞动物的微卫星覆盖度差异,揭示共生体对宿主基因组的限制作用。
- 微卫星基序分布规律分析:统计不同基序(三核苷酸、四核苷酸等)的丰度,验证无脊椎动物微卫星分布特征。
- 系统发育树构建与验证:利用Newick格式的系统发育树数据,支持刺胞动物门物种分类及进化关系的研究。