Cnidaria_Microsatellite_刺胞动物门微卫星丰度与系统发育分析数据

数据集概述

本数据集围绕刺胞动物门(包括珊瑚虫纲和水螅纲)的微卫星丰度展开研究,分析11个物种的微卫星基序分布、系统发育关系及共生/非共生状态对基因组的影响。包含微卫星搜索结果、系统发育树、蛋白质序列及分析说明,共4个文件,支持基因组进化与共生关系研究。

文件详解

  • README_for_ScirokoResultsAll.rtf
  • 文件格式:RTF
  • 字段映射介绍:记录使用SciRoKo程序进行微卫星搜索的参数设置(如错配搜索模式、固定惩罚、最低得分15等)及结果说明,为理解数据生成过程提供背景。
  • ScirokoResultsAll.xlsx
  • 文件格式:XLSX
  • 字段映射介绍:存储微卫星搜索的核心结果,包含不同物种的微卫星基序类型(三核苷酸、四核苷酸等)、丰度统计及相关分析数据。
  • CnidarianProtein.nex
  • 文件格式:NEX
  • 字段映射介绍:刺胞动物门物种的蛋白质序列数据,用于系统发育分析或基因组相关研究的序列比对参考。
  • Figure5_CnidarianTreeNewick.txt
  • 文件格式:TXT
  • 字段映射介绍:以Newick格式存储的刺胞动物门系统发育树数据,包含物种分支及进化距离(如Hydra、M.alcicornis等物种的分支长度)。

适用场景

  • 刺胞动物门基因组进化研究:分析微卫星丰度与物种系统发育的关联,探究基因组突变模式。
  • 共生关系对基因组的影响研究:比较共生/非共生刺胞动物的微卫星覆盖度差异,揭示共生体对宿主基因组的限制作用。
  • 微卫星基序分布规律分析:统计不同基序(三核苷酸、四核苷酸等)的丰度,验证无脊椎动物微卫星分布特征。
  • 系统发育树构建与验证:利用Newick格式的系统发育树数据,支持刺胞动物门物种分类及进化关系的研究。
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 11.79 MiB
最后更新 2026年1月14日
创建于 2026年1月14日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。