数据集概述
本数据集包含DMY相关RNA-Seq和small RNA-Seq的处理文件与分析代码，涉及基因与miRNA的计数、表达量（FPKM/RPM）、差异分析结果及可视化脚本等，支持生物医学领域基因表达相关研究，共15个文件。
文件详解
- 基因表达数据文件
- 文件名称：All_Gene_Count.txt、All_Gene_FPKM.csv、All_Gene_DESeq2_res.xlsx
- 文件格式：txt、csv、xlsx
- 字段映射介绍：包含Geneid（基因ID）及不同样本（如10dph_XX1、30dph_XY3等）的基因计数、FPKM值，以及差异表达分析结果（如DESeq2输出）
- miRNA数据文件
- 文件名称：All_miRNA_Count.txt、All_miRNA_RPM.csv、All_miRNA_DESeq2_res.xlsx
- 文件格式：txt、csv、xlsx
- 字段映射介绍：包含miRNA名称及不同样本的miRNA计数、RPM值，以及差异表达miRNA分析结果
- R脚本文件
- 文件名称：2.RNA-Seq_FPKM_corrplot.R、3.small RNA-Seq_DESeq2.R、3.RNA-Seq_DESeq2.R、2.small RNA-Seq_RPM_corrplot.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于RNA-Seq和small RNA-Seq数据的相关性可视化（corrplot）、差异分析（DESeq2）等分析流程
- Shell脚本文件
- 文件名称：4.DEGs_extract.sh、1.mirdeeps2_Medaka_miRNA_alignment.sh、4.DEMs_extract.sh
- 文件格式：sh
- 字段映射介绍：用于miRNA比对（mirdeep2）、差异表达基因（DEGs）和差异表达miRNA（DEMs）提取的流程脚本
- 其他处理文件
- 文件名称：1.Medaka_RNA-workfolw_Snakemake.smk、Table S4.txt
- 文件格式：smk、txt
- 字段映射介绍：包含RNA-Seq分析流程的Snakemake脚本，以及补充表格数据
适用场景
- 基因表达分析: 利用基因计数、FPKM值数据，研究不同样本间基因表达量差异及模式
- miRNA表达分析: 通过miRNA计数、RPM值数据，分析miRNA在样本中的表达特征
- 差异表达分析: 使用DESeq2结果文件及对应脚本，开展基因和miRNA的差异表达研究
- 生物信息学流程复现: 借助Snakemake和Shell脚本，复现RNA-Seq与small RNA-Seq的分析流程
- 数据可视化研究: 利用R脚本生成表达量相关性图，辅助基因与miRNA表达模式的可视化分析
