数据集概述
本数据集包含果蝇（Drosophila persimilis）两条主要染色体细尺度重组率的遗传进化关联研究数据。通过181个SNP标记构建重组率图谱，分析局部重组率异质性、与重复元件及序列基序的关联、交叉干扰范围，以及与姊妹种重组率的相关性，探讨重组率与核苷酸多样性、GC含量的关系，支持选择模型和GC偏向基因转换模型。
文件详解
- SNPMarkers.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含SNP名称、BLAST scaffold、BLAST位置、染色体信息、位置信息、序列相关字段、评分及注释等，记录181个SNP标记的详细信息。
- Recombinationintervals.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含标记起始与结束信息、BLAST scaffold及位置、距离、染色体信息、注释及异常值标记等，记录重组区间的详细数据。
- LSSScriptsFINAL.zip
- 文件格式：ZIP
- 内容说明：包含用于分析的脚本文件压缩包。
- chromosome2alignmentannotated.gz
- 文件格式：GZ
- 内容说明：包含染色体2的比对注释压缩文件。
数据来源
论文“Genetic and evolutionary correlates of fine-scale recombination rate variation in Drosophila persimilis”
适用场景
- 基因组学研究: 分析果蝇细尺度重组率的遗传进化特征，探讨重组率异质性及相关关联因素。
- 进化生物学分析: 研究重组率与核苷酸多样性、GC含量的关系，验证选择模型和基因转换模型。
- 生物信息学分析: 利用提供的脚本和数据，复现或扩展重组率相关的生物信息学分析。
- 比较基因组学研究: 对比果蝇姊妹种的重组率数据，分析物种间重组率的相关性及进化意义。
