数据集概述
该数据集包含论文《多物种溯祖模型下基因组数据贝叶斯分析的测序与基因分型错误影响》中使用的BPP控制文件，围绕物种树推断、MSC-I模型参数估计、MSC-M模型参数估计三类场景设计，提供模拟数据生成及分析所需的控制文件，支持不同错误率与定相策略下的基因组数据分析研究。
文件详解
- 压缩文件包：
- A00.I.zip：包含MSC-I模型参数估计场景的控制文件，格式为ZIP压缩包
- A01.zip：包含物种树推断场景的控制文件，格式为ZIP压缩包
- A00.M.zip：包含MSC-M模型参数估计场景的控制文件，格式为ZIP压缩包
- 各场景文件结构（以A01为例）：
- 模拟控制文件（如sim.A01.ctl）：用于生成带指定测序错误率的MSC模型数据集
- 分析控制文件（如A01.bpp.ctl）：用于BPP标准物种树推断，支持二倍体序列解析定相
- 分析控制文件（如A01.bpp-ambiguity.ctl）：用于BPP无定相分析，将杂合子视为模糊碱基
适用场景
- 基因组数据分析方法研究：评估测序错误对多物种溯祖模型下贝叶斯分析的影响
- 生物信息学工具优化：测试BPP软件在不同定相策略下的物种树推断准确性
- 群体遗传学研究：探究基因分型错误率对MSC模型参数估计结果的干扰机制
- 计算生物学实验设计：为模拟带测序错误的基因组数据集提供标准化控制文件模板
