数据集概述
本数据集包含澳大利亚鸡艾美耳球虫的25个完整线粒体基因组数据,涉及该国已知的10个物种(含OTU-X、-Y、-Z)。数据支持艾美耳球虫物种的遗传多样性分析及系统发育研究,显示澳大利亚菌株遗传多样性较低,为疫苗有效性评估提供依据。
文件详解
- README文档
- 文件名称:README_for_Eimeria_AA_alignment_for_DRYAD.docx
- 文件格式:DOCX
- 字段映射介绍:数据集说明文档,包含数据背景、文件说明及使用指引等内容。
- 氨基酸序列比对文件
- 文件名称:Eimeria_AA_alignment_for_DRYAD.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:鸡艾美耳球虫线粒体基因组的氨基酸序列比对结果。
- 核苷酸序列比对文件
- 文件名称:Nucleotide alignment for DRYAD.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:鸡艾美耳球虫线粒体基因组的核苷酸序列比对结果。
- 带根核苷酸序列比对文件
- 文件名称:Nucleotide alignment E zuernii root DRYAD.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:以E zuernii为根的鸡艾美耳球虫线粒体基因组核苷酸序列比对结果。
数据来源
DRYAD数据库(关联研究:Mitochondrial genomes of Australian chicken Eimeria support the presence of ten species with low genetic diversity among strains)
适用场景
- 寄生虫物种鉴定:基于线粒体基因组数据区分鸡艾美耳球虫的10个物种。
- 遗传多样性分析:研究澳大利亚鸡艾美耳球虫菌株的遗传多样性水平及演化关系。
- 系统发育研究:通过序列比对数据构建艾美耳球虫的系统发育树,分析物种亲缘关系。
- 疫苗有效性评估:结合遗传多样性结果,评估现有活疫苗对澳大利亚鸡艾美耳球虫的保护效力。
- 分子诊断工具开发:利用线粒体基因组序列开发鸡艾美耳球虫的分子诊断标记。