数据集概述
本数据集围绕蛾类属Eupithecia的系统发育研究展开，对比了RAD测序与多基因座桑格测序的系统发育假设，分析了RAD数据的基因座缺失效应及其对系统发育信息（SNP、PIS）的影响，包含研究相关的代码、补充材料和图表文件。
文件详解
该数据集包含三类文件，具体说明如下：
- 代码文件（.r格式）：
- bootstrap_DRYAD.R：用于计算节点自举支持率的R脚本
- dropout_DRYAD.R：分析基因座缺失效应的R脚本
- locus conservativeness_DRYAD.R：评估基因座保守性的R脚本
- 文档文件（.docx格式）：
- Supplementary materials_Tables_S1.docx：补充材料表S1
- Supplementary materials_Tables_S2.docx：补充材料表S2
- Supplementary materials_Tables_S4.docx：补充材料表S4
- Supplementary materials_Tables_S7.docx：补充材料表S7
- 图表文件（.pdf格式）：
- Fig.S1. ultrametric trees.pdf：超度量树图表
- Fig.S5. venn diagram of shared loci among species.pdf：物种间共享基因座的韦恩图
- Fig.S7. ADO (drop out bad quality samples).pdf：低质量样本缺失分析图表
- Fig.S8. rad_reference_assembly.pdf：RAD参考组装图表
- Fig.S10. SNP heatmap.pdf：SNP热图
- 其他PDF图表文件：包含基因座缺失、系统发育树等相关可视化内容
适用场景
- 系统发育基因组学研究：分析RAD测序与桑格测序在属级系统发育中的应用差异
- 基因座缺失效应分析：探究RAD数据中基因座缺失对SNP、PIS分布及系统发育信息的影响
- 分子系统学方法评估：比较不同测序技术在昆虫系统发育研究中的适用性
- 生物信息学方法验证：验证基因座保守性、自举支持率等分析方法的有效性
