数据集概述
本数据集为Galaxy路径分析工作流训练教程提供输入数据，包含待排序的异源路径SBML文件及宿主生物大肠杆菌iML1515的基因组尺度代谢模型SBML文件，用于通过目标产物通量、热力学可行性等四个标准评估预测路径性能，生成评分排序后的路径集合。
文件详解
- SBML格式路径文件
- 文件名称：如rp_002_0011.xml、rp_003_0231.xml等
- 文件格式：XML（SBML）
- 字段映射介绍：建模异源路径，包含路径的代谢反应、物种等系统生物学标记语言定义的信息
- 宿主生物GEM模型文件
- 文件名称：SBML_Model_iML1515.xml
- 文件格式：XML（SBML）
- 字段映射介绍：大肠杆菌iML1515的基因组尺度代谢模型，包含宿主代谢网络的反应、代谢物、基因关联等信息
数据来源
Galaxy SynBioCAD平台（https://galaxy-synbiocad.org）
适用场景
- 生物信息学训练：支持Galaxy路径分析工作流教程的实操训练，学习路径评估排序方法
- 代谢工程研究：评估预测路径的性能，筛选目标化合物生产的最优异源路径
- 合成生物学分析：结合宿主代谢模型，分析异源路径在宿主中的可行性与效率
- 系统生物学建模：基于SBML格式数据，开展代谢网络的模拟与优化研究
