数据集概述
本数据集围绕高毒性蝾螈（Taricha newts）的河豚毒素（TTX）自我抗性进化展开，通过钠通道（Nav）基因家族的测序与分析，探究基因转换在适应性进化中的作用，包含基因序列比对、系统发育树及相关分析文件。
文件详解
- 序列比对文件（.fasta格式）：
- 如SCN5A_CDS_alignment.fasta、SCN2A_CDS_alignment.fasta等13个文件，存储不同Nav基因（SCN1A、SCN2A等）的编码序列（CDS）比对结果，用于进化分析
- 分析结果文件（.sum格式）：
- 如SCN4ADIVa_2.sum、SCNA_amphibian_CDS_alignment_PAL2NAL.sum，记录基因转换分析或序列比对的统计结果
- 片段文件（.frags格式）：
- 如SCN4ADIVa_2.frags，存储基因序列片段化数据
- 配置文件（.cfg格式）：
- 如Geneconv_config_SCN1A-2A-3A.cfg，为基因转换分析工具Geneconv提供参数配置
- 文档与代码文件：
- README.md：数据集说明文档，含研究背景与文件索引
- amphibian_time_tree.R：R语言代码，用于构建两栖动物时间树
- Amphibian_SCN_probes.txt：探针序列文件，含目标探针的序列与长度信息
- 图像文件：
- Taricha_torosa.jpeg：高毒性蝾螈（Taricha torosa）的图片
适用场景
- 进化生物学研究：分析基因转换在多基因家族适应性进化中的作用机制
- 分子毒理学研究：探究钠通道基因变异与河豚毒素（TTX）抗性的关联
- 比较基因组学分析：研究两栖动物钠通道基因家族的进化历史与功能分化
- 生物信息学方法验证：测试基因转换检测工具（如Geneconv）在复杂基因家族中的应用效果
