数据集概述
本数据集围绕哺乳动物X染色体与常染色体的基因表达、染色体异质性及快X效应展开研究,包含6种哺乳动物的4800个直向同源基因分析结果,涉及dN/dS比值、基因表达水平、GC含量等核心指标,用于探究基因进化与染色体特性的关联。
文件详解
- Table_S1.csv
- 文件格式:CSV
- 字段映射介绍:包含gene(基因ID)、Species(物种)、labs(标签)、chrMark(染色体标记)、chr(染色体)、dN(非同义替换率)、dS(同义替换率)、dNdS(dN/dS比值)、RPKM(基因表达量)、Tau(组织特异性指数)、GC3(第三位密码子GC含量)等字段
- omm_DNA_fasta.36tax_CDS.gblocks.zip
- 文件格式:ZIP
- 内容说明:压缩包内包含36个类群的CDS序列数据(经Gblocks处理的DNA fasta格式文件)
数据来源
标题为“Data from: Gene expression, chromosome heterogeneity and the fast-X effect in mammals”的研究
适用场景
- 哺乳动物基因进化分析: 利用dN/dS比值探究X染色体与常染色体的基因进化速率差异
- 基因表达与染色体异质性关联研究: 分析基因表达水平(RPKM)与染色体类型(X/常染色体)的关系
- GC含量对基因进化的影响研究: 结合GC3数据探索碱基组成与dN/dS比值的相关性
- 跨物种直向同源基因比较: 基于多物种基因数据开展进化保守性与差异分析