数据集概述
该数据集包含GPCRchimeraDB数据库的核心数据及生成所需文件,涵盖天然与嵌合GPCR条目、三维结构、系统发育树、多序列比对等生物信息学资源,为GPCR相关研究提供结构化数据支持。
文件详解
- chimera_not_in_DB.xlsx:Excel格式文件,包含非A类及跨类嵌合设计(未入库)、待考虑的未入库设计
- 2504_naturals.zip:压缩文件,数据库中所有天然GPCR的条目文件
- 2504_chimeras.zip:压缩文件,数据库中所有嵌合GPCR的条目文件
- 3Dstructures.zip:压缩文件,包含天然与嵌合条目相关的三维结构、模型、dssp文件及映射文件
- Files_required_generate_JSON.zip:压缩文件,生成条目文件所需的原始文件,需结合GitHub代码仓库处理
- PhylogeneticSublass.zip:压缩文件,基于PMID:27028541扩展的系统发育树分类文件
- MasterAlignment.zip:压缩文件,数据库中所有哺乳动物GPCR的多序列比对文件,用于数据库的比对工具
适用场景
- 生物信息学研究:分析GPCR家族的系统发育关系、序列保守性及结构特征
- 药物研发:基于GPCR结构与序列数据开展靶点发现、药物分子设计研究
- 数据库构建:复现或扩展GPCRchimeraDB的条目生成流程与数据架构
- 计算生物学:利用多序列比对、三维结构数据进行蛋白质功能预测与进化分析