数据集概述
本数据集为2016-2022年欧洲和北美H5Nx高致病性禽流感（HPAI）疫情空间传播的生态地理驱动因素研究数据，包含系统发育动力学模型输入文件、序列数据、树文件、统计分析文件等9个文件，支持分析病毒跨区域传播的预测因子及方向特征。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集标题、数据描述及文件结构说明
- 模型输入文件
- 文件名称：Atlantic_380_seqs_run1b.xml、Atlantic_380_seqs_FULLMODEL_matrixRedo.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST软件系统发育动力学广义线性模型（phylodynamic-GLM）分析的输入文件，包含模型参数配置
- 序列数据文件
- 文件名称：Atlantic_seqs_TRIMMED_MUSCLED_20220608.fasta、Atlantic_seqs_TRIMMED_MUSCLED_no_Historics_20220608.fa
- 文件格式：FASTA、FA
- 字段映射介绍：修剪并比对后的病毒序列数据，含历史序列与非历史序列版本
- 树文件
- 文件名称：Atlantic_GLM_380_500_fixed.trees
- 文件格式：TREES
- 字段映射介绍：经验树文件，记录病毒进化关系
- 统计分析文件
- 文件名称：Atlantic_380_seqs_Discrete_FULLMODEL_20220713.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：离散模型分析结果，包含病毒传播的统计数据
- 脚本文件
- 文件名称：Atlantic_380_seqs_run1b.sh
- 文件格式：SH
- 字段映射介绍：序列分析运行脚本
- 降采样数据集
- 文件名称：Downsampled_Atlantic_dataset_20220610b.jmp
- 文件格式：JMP
- 字段映射介绍：降采样后的大西洋区域数据集，用于统计分析
数据来源
论文“Ecogeographic drivers of the spatial spread of highly pathogenic avian influenza outbreaks in Europe and North America, 2016–2022”
适用场景
- 动物疫病传播机制研究：分析H5Nx病毒在欧美跨区域传播的生态地理驱动因素
- 系统发育动力学模型验证：利用XML输入文件和树文件，验证BEAST软件中phylodynamic-GLM模型的准确性
- 病毒进化分析：通过序列数据研究H5Nx病毒的进化关系及时空传播特征
- 疫病防控策略优化：基于传播预测因子（如地理 proximity、温度）制定禽流感监测与 mitigation 策略
- 气候变化与疫病传播关联研究：分析环境温度对病毒传播速率的影响机制
