数据集概述
本数据集包含墨西哥高地鸟类（Aphelocoma jays）基因流研究的基因组标记数据，通过4303个超保守元件（UCEs）和2500个SNP位点，结合系统发育树、聚类算法及基因渐渗检测（如ABBA/BABA测试），揭示物种分化过程中的基因流历史。数据支持对物种形成模式的分析，共包含9个相关分析文件。
文件详解
- 文档文件（.txt）
- 文件名称：README_for_STRUCTURE_input.txt、STRUCTURE_input.txt、S_File_4_mtDNA_partitions_for_RAxML.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含STRUCTURE分析输入说明、群体分配输入数据（如样本ID及基因型数据）、线粒体DNA（mtDNA）分区信息
- 序列比对文件（.phylip）
- 文件名称：S_File_2_UCE_incomplete_matrix_alignment_labeled.phylip、S_File_3_mtDNA_prot_cod_reg_alignment_labeled.phylip
- 文件格式：PHYLIP
- 字段映射介绍：分别为UCE不完全矩阵比对数据、mtDNA蛋白编码区比对数据，含标记样本信息
- 压缩文件（.zip）
- 文件名称：SNP_calls.zip、Scripts.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含SNP调用结果文件、分析所用脚本文件
- 物种树分析文件（.xml）
- 文件名称：SNAPP_input.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：SNAPP物种树分析的输入配置文件
- 统计表格文件（.xlsx）
- 文件名称：S1_Statistics_table.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含研究相关的统计数据表格
数据来源
论文“Hidden histories of gene flow in highland birds revealed with genomic markers”
适用场景
- 生物基因组学研究：分析墨西哥高地鸟类物种分化过程中的基因流历史
- 物种形成模式分析：验证“伴随基因流的物种形成”模式在生物多样性热点区域的普遍性
- 群体遗传学研究：利用STRUCTURE等工具进行鸟类群体分配与遗传结构分析
- 分子系统发育分析：基于UCE和mtDNA数据构建鸟类物种系统发育树
- 基因渐渗检测：通过ABBA/BABA测试等方法检测古老基因流的痕迹
- 生物信息学方法应用：参考基因组标记数据的SNP调用、序列比对及系统发育分析流程
