数据集概述
本数据集包含年轻与老年小鼠海马神经元经低输入启动子捕获Hi-C（liCHi-C）及RNA-seq处理后的相关数据，用于探究年龄及环境富集对染色质互作组组织与基因表达的影响，涉及13个处理后数据文件及附加文件。
文件详解
- 说明文档：
- 0_README_repository_description.docx：Word文档，存储数据集仓库的描述信息
- 染色质互作组数据文件：
- 1_CHiCAGO_YC_merged_cutoff_5.ibed：ibed格式，年轻对照小鼠合并后的CHiCAGO分析结果（阈值5）
- 1_CHiCAGO_YE_merged_cutoff_5.ibed：ibed格式，年轻环境富集小鼠合并后的CHiCAGO分析结果（阈值5）
- 1_CHiCAGO_OC_merged_cutoff_5.ibed：ibed格式，老年对照小鼠合并后的CHiCAGO分析结果（阈值5）
- 1_CHiCAGO_OE_merged_cutoff_5.ibed：ibed格式，老年环境富集小鼠合并后的CHiCAGO分析结果（阈值5）
- 差异分析结果文件：
- 1_Chicdiff_output_YC_OC.tsv：tsv格式，年轻对照与老年对照小鼠的Chicdiff差异分析结果
- 1_Chicdiff_output_OC_OE.tsv：tsv格式，老年对照与老年环境富集小鼠的Chicdiff差异分析结果
- 1_Chicdiff_output_YC_YE.tsv：tsv格式，年轻对照与年轻环境富集小鼠的Chicdiff差异分析结果
- 1_Chicdiff_output_YE_OE.tsv：tsv格式，年轻环境富集与老年环境富集小鼠的Chicdiff差异分析结果
- RNA-seq数据文件：
- 2_RNAseq_rawCounts.txt：txt格式，RNA-seq原始计数数据
- 2_RNAseq_VSTcounts.txt：txt格式，RNA-seq方差稳定转换后计数数据
- 2_RNAseq_phenodata.txt：txt格式，RNA-seq样本表型数据
- 代码文件：
- 0_code.zip：压缩包，存储相关分析代码
适用场景
- 神经生物学研究：分析年龄及环境富集对小鼠海马神经元三维染色质结构的影响
- 基因表达调控研究：探究染色质互作组变化与基因表达的关联机制
- 衰老机制研究：揭示衰老过程中基因组组织的动态变化及环境干预的作用
- 生物信息学分析：用于三维基因组互作数据处理与差异分析方法的验证或应用
