数据集概述
本数据集包含与文章《Exploring environmental microfungal diversity through serial single cell screening》相关的序列、序列比对、系统发育树及污染分析数据，支持对环境微真菌多样性的研究，涵盖不同分类层级的索引、位置及得分数据，以及可视化文件等。
文件详解
该数据集包含96个文件，具体说明如下：
- 核心数据文件（JSON格式，共78个）：
- 命名规则：以bestumorder_为前缀，包含分类层级（如kingdom、phylum、class、order、family、genus、species、superkingdom）、数据类型（cindex、sample、positions、score）及样本编号（sample_27或sample_32），例如bestumorder_kingdom_cindex_sample_32.json
- 内容：不同分类层级下的索引、样本、位置及得分数据
- 序列与比对文件（FASTA格式，共7个）：
- rrn_alignment.fasta：rrn区域序列比对文件
- SSU_from_rrn_alignment.fasta：从rrn序列中提取的SSU区域比对文件
- LSU_from_rrn_alignment.fasta：从rrn序列中提取的LSU区域比对文件
- rrn_sequences.fasta：rrn（SSU-ITS1-5.8S-ITS2-LSU）区域序列文件
- 系统发育树可视化文件（SVG格式，共7个）：
- SSU_from_rrn_tree.svg：基于rrn序列的SSU系统发育树
- ITS_tree.svg：ITS区域系统发育树
- LSU_from_rrn_tree.svg：基于rrn序列的LSU系统发育树
- 污染分析可视化文件（SVG/PNG格式，共4个）：
- sample_27.blob.square.svg、sample_32.blob.square.svg：样本27和32的污染分析SVG图
- sample_27.blob.square.png、sample_32.blob.square.png：样本27和32的污染分析PNG图
- 其他文件：
- README.txt：数据集说明文档
- ahm_blobtool_simple.sh：Shell脚本文件
适用场景
- 微生物学研究：分析环境微真菌的物种多样性及分类特征
- 分子生物学研究：探究微真菌不同基因区域（SSU、ITS、LSU）的序列特征与系统发育关系
- 环境科学研究：评估环境样本中微真菌的污染情况及群落结构
- 生物信息学分析：验证单细胞筛选技术在微生物多样性研究中的应用效果
