数据集概述
本数据集包含叶蜂与树蜂(膜翅目)系统发育与生物地理学研究的输入文件、分析脚本及系统发育树文件,用于构建该类群的综合系统发育关系并解析其生物地理历史,共包含40个文件。
文件详解
- 输入文件
- 文件名称:BEAST_input_phylo-inform.xml、Ingroup75p_with_outgroups.phylip、BioGeoBEARS_input_dispersal_multipliers.txt等
- 文件格式:XML、PHYLIP、TXT、NEWICK等
- 字段映射介绍:包含系统发育分析的输入参数配置、序列数据、生物地理分析的扩散系数表、修剪后的系统发育树等
- 脚本文件
- 文件名称:BioGEOBEARS_script_HymData_M0.R、beast_summary.r等
- 文件格式:R、TXT
- 字段映射介绍:包含BioGeoBEARS生物地理分析脚本、BEAST结果汇总脚本、分析流程说明等
- 系统发育树文件
- 文件名称:RAxML_unpartitioned_rerooted.newick、ExaBayes_perUCE_noOut_rooted.tre等
- 文件格式:NEWICK、TRE
- 字段映射介绍:包含RAxML、ExaBayes、SVDQuartets等方法构建的系统发育树结果,包含有外类群或无外类群的重根树
- 配置文件
- 文件名称:exabayes.config、partition_finder.config
- 文件格式:CONFIG
- 字段映射介绍:包含ExaBayes分析参数配置、PartitionFinder分区配置等
适用场景
- 膜翅目昆虫系统发育研究: 利用多种方法构建的系统发育树,解析叶蜂与树蜂的演化关系
- 生物地理学分析: 通过生物地理分析脚本及输入文件,探究该类群的地理扩散历史
- 系统发育基因组学方法验证: 对比不同分析方法(RAxML、ExaBayes、SVDQuartets)的系统发育结果差异
- 昆虫演化历史研究: 结合系统发育与生物地理数据,揭示叶蜂与树蜂的起源与分化过程