数据集概述
本数据集围绕鳉形目（Cyprinodontoidea）鱼类的系统发育关系展开，通过锚定杂交富集技术获取数据，包含16个科107个类群的遗传信息，涉及序列比对、系统发育树构建及统计分析结果，为该类群进化关系研究提供支持。
文件详解
- 序列比对与预处理文件：
- TrimmedAlignments_conSeqs.tar.gz、Prealignments_conSeqs.tar.gz、Alignments_conSeqs.tar.gz：压缩文件，包含原始、预处理及修剪后的序列比对数据
- T488_ConcatLoci.phylip：Phylip格式文件，合并后的序列位点数据
- T488_ConcatLoci.charSets：字符集定义文件，标记序列数据中的位点分区
- 系统发育分析结果文件：
- RAxML_bipartitions.T488_ConcatLoci、RAxML_bestTree.T488_ALL.txt：RAxML软件生成的系统发育树文件，包含合并位点分析的最优树及分支支持率
- T488_Astral.tre、AstralTree.tre：ASTRAL软件生成的物种树文件
- T488_AstralTree.pdf、T488_ConcatTree.pdf：系统发育树可视化PDF文件
- 统计信息文件：
- T488_Statistics.txt：文本文件，包含基因数量（287个）、类群数量（107个）、总位点（394248个）、可变位点（189881个）等统计数据
- log：日志文件，记录分析过程信息
- bs-files：分支支持率相关文件
适用场景
- 鱼类系统发育研究：解析鳉形目各科间的进化关系
- 生物信息学方法验证：评估锚定杂交富集技术在解决复杂类群系统发育问题中的有效性
- 进化生物学分析：为生物地理、分类学及生态适应性研究提供系统发育框架
- 基因组学研究：分析基因树冲突对系统发育推断的影响
