数据集概述
该数据集包含系统发育树及相关序列数据，用于评估假新芽孢杆菌JJ-79在芽孢杆菌科512个模式菌株中的系统发育定位。基于三个多基因数据集（BM1、BM2、BM3）构建系统发育树，提供序列比对、树结构及可视化文件。
文件详解
- BM1相关文件：
- BM1.faa：FASTA格式，87个保守基因的过滤后多序列比对拼接文件
- BM1.nwk：NEWICK格式，基于BM1.faa推断的最大似然系统发育树
- BM1.pdf：PDF格式，BM1系统发育树的图形化展示
- BM1.seq.tar.gz：压缩包，含每个基因的初始序列（.faa）、多序列比对（.afa）、过滤后比对（*.ffa）
- BM2相关文件：
- BM2.faa：FASTA格式，DNA旋转酶（GyrA、GyrB）和RNA聚合酶（RpoB、RpoC）亚基的过滤后比对拼接文件
- BM2.nwk：NEWICK格式，基于BM2.faa推断的最大似然系统发育树
- BM2.pdf：PDF格式，BM2系统发育树的图形化展示
- BM2.seq.tar.gz：压缩包，含BM2对应基因的序列及比对文件
- BM3相关文件：
- BM3.faa：FASTA格式，DNA解旋酶II（UvrD）和DNA聚合酶I（PolA）的过滤后比对拼接文件
- BM3.nwk：NEWICK格式，基于BM3.faa推断的最大似然系统发育树
- BM3.pdf：PDF格式，BM3系统发育树的图形化展示
- BM3.seq.tar.gz：压缩包，含BM3对应基因的序列及比对文件
- 补充文件：
- CSI.tar.gz：压缩包，含11个指示新芽孢杆菌属保守特征插入/缺失（CSI）的基因多序列比对文件
适用场景
- 细菌分类学研究：确定假新芽孢杆菌JJ-79在芽孢杆菌科的分类地位
- 系统发育分析：验证基于不同基因组合构建的系统发育树的一致性
- 微生物进化研究：分析芽孢杆菌科内物种的亲缘关系及进化路径
- 分类学方法评估：比较多基因数据集在细菌系统发育定位中的应用效果
