数据集概述
本数据集围绕鸡肠道乳酸菌对大肠杆菌中IncI1型ESBL耐药质粒（携带blaCTX-M-1）传播的影响展开，包含体外实验的生长、质粒转移数据及测序文件，结合数学模型参数，为研究微生物互作与质粒传播的关系提供支持。
文件详解
- 说明文档与元数据：
- Data_description.pdf：PDF格式，数据集内容描述文档
- Metadata_supernatants.csv：CSV格式，上清液相关元数据
- 系列README文件（如README_SupplFig1.txt、README_Fig1d.txt）：TXT格式，对应图表的说明文档
- 生长与质粒转移数据：
- Growth_OD_4hr_start_t102_ESBL375DRT_Rep1.txt等TXT文件：记录不同时间点大肠杆菌的OD值（生长数据），字段含时间（t）及各孔位（如A01、B02）的OD读数
- Conjug_growth_plate_OD_upto4h_ESBL375DRT_Rep2.csv等CSV文件：记录质粒转移实验中不同时间点（Time (mins)）各孔位的OD值
- 20201027_Growth_rates_D_R_T.csv：CSV格式，大肠杆菌生长速率数据
- 测序数据：
- P1-P01-F03-4-C_R1.fastq.bz2等fastq.bz2文件：测序原始数据文件
- 其他：
- silva_nr_v132_train_set.fa.gz：GZ压缩格式的参考序列文件
- PCR_NGS1956_supernatants.xlsx：Excel格式，PCR与NGS相关数据
适用场景
- 微生物学研究：分析肠道微生物互作对耐药质粒传播的调控机制
- 耐药性研究：探究乳酸菌对大肠杆菌ESBL耐药质粒传播的抑制作用
- 数学模型构建：基于实验数据建立微生物群落中质粒传播的预测模型
- 肠道微生态研究：解析鸡肠道菌群结构与耐药基因扩散的关系
