数据集概述
本数据集包含两种角金龟子（亚洲犀牛甲虫Trypoxylus dichotomus和蜣螂Onthophagus nigriventris）的转录组数据，用于研究甲虫夸张性状（如角）的发育与进化机制。通过454焦磷酸测序获得转录组谱，结合基因表达分析、分子进化检测等方法，探索角生长的调控机制、性选择对基因的影响及表型可塑性的发育解耦理论。数据集含12个文件，覆盖组装序列、基因进化分析输入输出及功能注释等内容。
文件详解
- 转录组组装文件
- 文件名称：tdicho_assembly.fasta.zip、otaurus_assembly.fasta.zip、onig_assembly.fasta.zip
- 文件格式：ZIP（含FASTA序列）
- 字段映射介绍：包含三种甲虫（Trypoxylus dichotomus、Onthophagus taurus、Onthophagus nigriventris）的转录组组装序列
- 基因进化分析文件
- 文件名称：ot_on_kaks_input.csv、ot_td_kaks_input.csv、kaks_analysis.r、kaks_pipleline.zip
- 文件格式：CSV、R、ZIP
- 字段映射介绍：Ka/Ks分析输入数据（含基因对编号、比对长度、Ka/Ks值、表达量、形态/性别/角偏向性等字段）、R分析脚本及分析流程压缩包
- 功能注释与变异文件
- 文件名称：GO_terms.xlsx、SNPs.xlsx、devdecoupling.xls
- 文件格式：XLSX、XLS
- 字段映射介绍：基因本体（GO）注释、单核苷酸多态性（SNPs）数据、发育解耦分析结果
- 辅助信息文件
- 文件名称：onig_NCBI_codes.txt、tdicho_NCBI_codes.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含甲虫样本对应的NCBI生物项目编号、组装编号等元数据
数据来源
论文“Insights into the development and evolution of exaggerated traits using de novo transcriptomes of two species of horned scarab beetles”
适用场景
- 甲虫夸张性状进化研究：分析角性状相关基因的表达模式与分子进化特征，验证性选择对基因的影响
- 转录组数据分析方法应用：探索454焦磷酸测序转录组的组装、注释及基因进化分析流程
- 表型可塑性机制研究：通过基因表达差异分析，验证表型可塑性性状的发育解耦理论
- 昆虫分子生态学研究：利用基因序列与变异数据，研究甲虫种群的遗传多样性及适应性进化
- 功能基因组学分析：结合GO注释与基因表达数据，挖掘角生长发育的关键调控基因
