数据集概述
本数据集是研究论文“Reduced B-cell antigenicity of Omicron lowers host serologic response”的补充数据，包含5个文件，涵盖病毒RBD序列、人工变异体、多序列比对、抗体命中率及虚拟深度突变扫描数据，支撑论文中抗原性分析、模型训练及结果验证等核心内容。
文件详解
- Table_hCoV229E.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含hCoV229E RBD序列列表，关联分离株、采集日期标识及ScanNet抗原性评分，用于复现Figure 3A；同时提供比对序列和模板。
- table_artificial_variants.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含进化序列生成模型产生的人工RBD序列，含抗原性评分、蛋白结合评分及与Omicron的比较结果，用于复现Figure 3B、Supplementary Figure S6H。
- MSA_RBD.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：RBD序列多序列比对结果及样本权重，用于训练Figure 3B、Supplementary Figures S2C、S6中使用的序列生成模型。
- table_antibody_hit_rate_RBD.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含残基ID、经验表位频率、ScanNet表位评分、相对溶剂可及表面积等字段，为Supplementary Figure S1提供原始数据。
- RBD_virtual_DMS.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：使用ScanNet和序列生成模型完成的虚拟深度突变扫描数据，对应Supplementary Figure S2。
数据来源
论文“Reduced B-cell antigenicity of Omicron lowers host serologic response”
适用场景
- 病毒免疫学研究: 分析Omicron变异株B细胞抗原性降低机制及对宿主血清学反应的影响。
- 疫苗研发参考: 基于RBD序列变异、抗原性评分数据，优化针对Omicron的疫苗抗原设计。
- 抗体表位分析: 利用经验表位频率和虚拟突变扫描数据，探究抗体与病毒RBD的结合规律。
- 计算生物学模型验证: 验证进化序列生成模型在预测病毒变异体抗原性方面的性能。
