基于外向配对末端读段的细菌基因组原噬菌体识别与定位R脚本

数据集概述

该数据集包含一套R脚本及相关文件，展示如何使用mVIRs软件包的OPR finder功能识别外向配对末端读段（OPRs），并以此在鼠伤寒沙门氏菌LT2中定位p22原噬菌体。数据文件结构简洁，包含脚本源文件、输出文档及输入数据压缩包，为复现相关研究提供完整工具链。

文件详解

• OPR_markdown.Rmd：R Markdown格式脚本文件，包含原噬菌体识别与定位的完整分析代码
• OPR_markdown.html：HTML格式文件，可能是R Markdown脚本生成的分析报告或结果文档
• Input_files.zip：ZIP压缩包，包含分析所需的输入数据文件

适用场景

• 微生物基因组学研究：用于细菌基因组中原噬菌体的识别与定位分析
• 生物信息学方法验证：复现Zünd等人2021年发表的原噬菌体定位研究方法
• 噬菌体-宿主相互作用分析：探究原噬菌体在细菌基因组中的分布特征
• 生物信息学教学：作为R语言在微生物组数据分析中的实践案例