数据集概述
本数据集为抗生素耐药病原体暴发调查的跨学科教学模块，包含8起医院抗生素耐药病原体暴发的测序数据、生物信息学与系统发育分析材料，结合教学概念指南，用于向本科生教授进化生物学基础。
文件详解
- 教学与指导文件：
- Bioinformatics Project Protocol.pdf：PDF格式，生物信息学项目操作指南
- Teaching_concepts.pdf：PDF格式，包含自然选择、竞争等进化生物学概念、暴发调查信息及生物信息学协议说明
- Hospital_outbreak_resources.pdf：PDF格式，医院暴发调查相关资源文件
- Project Report Rubric example.pdf：PDF格式，项目报告评分标准示例
- 元数据文件：
- Metadata_outbreaks.xlsx：Excel格式，暴发事件元数据
- 基因组数据文件：
- 装配文件：Outbreak1_assembly.fna、Outbreak2_assembly.fna、Outbreak3_assembly.fna、Outbreak4_assembly.fa、Outbreak5_assembly.fna、Outbreak6_assembly.fna（共6个，包含不同暴发事件的基因组装配数据）
- 核心SNP矩阵文件：Outbreak2_core_SNPs_matrix.fasta、Outbreak3_core_SNPs_matrix.fasta、Outbreak4_core_SNPs_matrix.fasta、Outbreak5_core_SNPs_matrix.fasta、Outbreak6_core_SNPs_matrix.fasta、Outbreak8_core_SNPs_matrix.fasta（共6个，包含不同暴发事件的核心单核苷酸多态性矩阵数据）
适用场景
- 进化生物学教学：帮助本科生理解自然选择与竞争对耐药性的影响
- 生物信息学实践：训练学生使用基因组数据进行病原体鉴定和系统发育分析
- 公共卫生研究：支持抗生素耐药性传播机制及暴发调查方法的分析
- 跨学科教育研究：探索进化生物学与临床医学、公共卫生的交叉应用场景
