数据集概述
本数据集为美洲鲎（Limulus polyphemus）视蛋白基因组研究的相关数据，包含视蛋白基因库的系统发育分析文件、进化树结构文件及 phyloseq 数据库文件，用于支撑美洲鲎视蛋白家族的注释、系统发育关系分析及组织表达模式研究，为理解螯肢动物视蛋白进化及节肢动物视觉系统演化提供数据资源。
文件详解
- 文件名称：Lp_ALLOPS.phy
- 文件格式：.phy
- 字段映射介绍：系统发育分析用的多序列比对文件，包含美洲鲎及相关物种的视蛋白序列比对信息
- 文件名称：LpONLY.phy
- 文件格式：.phy
- 字段映射介绍：仅包含美洲鲎视蛋白序列的多序列比对文件
- 文件名称：LpONLY_newick.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：美洲鲎视蛋白的系统发育树结构文件，以Newick格式存储进化分支及节点信息
- 文件名称：Lp_ALLOPS_newick.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：包含美洲鲎及其他物种视蛋白的系统发育树结构文件，以Newick格式存储
- 文件名称：Lp_phyloseq_database.xlsx
- 文件格式：.xlsx
- 字段映射介绍：美洲鲎视蛋白相关的phyloseq数据库文件，可能包含基因注释、表达量等结构化数据
数据来源
论文“Opsin repertoire and expression patterns in horseshoe crabs: evidence from the genome of Limulus polyphemus (Arthropoda: Chelicerata)”
适用场景
- 螯肢动物视蛋白进化研究: 分析美洲鲎视蛋白家族的系统发育关系，探究螯肢动物视蛋白的演化历程
- 节肢动物视觉系统演化分析: 结合视蛋白基因结构与表达模式，研究节肢动物视觉系统的进化机制
- 基因组注释验证: 验证美洲鲎基因组中视蛋白基因的注释结果，完善基因组功能注释信息
- 视觉相关基因表达分析: 基于视蛋白组织表达模式数据，研究美洲鲎视觉系统的分子基础及感光机制
