数据集概述
本数据集为利什曼原虫与蜥蜴利什曼原虫跨亚属杂交研究的支持材料，包含基因表达计数、参考基因组及注释文件、直系同源群列表、基因分布与GO富集分析图表等，支撑寄生虫基因组兼容性与转录组适应性研究。
文件详解
- 基因表达计数文件：
- counts_on_hybrid.tsv：TSV格式，含杂交参考基因组（利什曼原虫与蜥蜴利什曼原虫拼接）的基因原始计数
- normed_counts_on_hybrid.tsv：TSV格式，含杂交参考基因组的基因标准化计数
- counts_on_hybrid_dna.tsv：TSV格式，含杂交参考基因组在基因组数据集上的原始计数
- 参考基因组与注释文件：
- tarinf.fa：FA格式，杂交参考基因组序列（拼接GCA_900500625.2与GCA_009731335.1）
- tarinf.gff：GFF格式，杂交参考基因组的注释文件
- 直系同源群文件：
- Orthogroups_cleaned_and_gp63.tsv：TSV格式，保留的直系同源群列表（含利什曼原虫与蜥蜴利什曼原虫基因，排除染色体遗传不一致组，补充人工直系同源群OG099999）
- 基因分布分析图表：
- genes_coordinates_individual_chromosomes.pdf：PDF格式，36张染色体基因分布图，含基因定位、zscore>2基因、表达差异基因及方向分布
- genes_coordinates_one_panel.png：PNG格式，基因分布PDF的单面板汇总图
- inter_gene_distance.png：PNG格式，基因空间聚类分析图（比较目标基因与随机基因的中位基因间距）
- GO富集分析文件：
- go_individual_chromosomes.pdf：PDF格式，36张染色体GO富集分析图（基于RNA与DNA水平比率差异基因）
- go_individual_chromosomes_z2.pdf：PDF格式，36张染色体GO富集分析图（基于RNA与DNA水平比率差异且z>2的基因）
适用场景
- 寄生虫基因组兼容性研究：分析利什曼原虫跨亚属杂交的基因组遗传规律
- 转录组适应性分析：探究杂交后代基因表达的转录调控机制
- 功能基因组学研究：基于GO富集分析挖掘差异表达基因的生物学功能
- 基因组结构分析：研究杂交基因组的基因分布特征与空间聚类模式
