数据集概述
本数据集围绕鸟类系统发育基因组学研究展开，聚焦新鸟亚纲早期分化节点的系统发育树冲突问题，通过构建含90%非编码序列的235种鸟类数据矩阵，对比分析数据类型、分类单元数量及位点数量对系统发育树拓扑结构的影响，揭示数据类型为导致树结构不一致的关键因素。
文件详解
- 压缩文件（.gz格式）：
- Reddy_sup_fileS7_ML_treefiles.tar.gz：包含最大似然法（ML）分析生成的系统发育树文件
- Reddy_sup_fileS6_raxml_trees_ALLtaxset.tar.gz：包含RAxML软件分析所有分类单元数据集生成的树文件
- Reddy_sup_fileS5_alignments.tar.gz：包含序列比对数据文件
- Reddy_sup_fileS10_Prum_noJAR.tar.gz：包含去除JAR序列后的Prum数据集相关文件
- 文档文件（.pdf格式）：
- Reddy_sup_figS1_fileS1_indicator_clades.pdf：展示指示分支的图表文件
- Reddy_sup_figS2_Metaves.pdf：关于Metaves类群的图表文件
- Reddy_sup_figS5_GCboxplot.pdf：GC含量箱线图文件
- Reddy_sup_figS3_Prum_noJAR.pdf：去除JAR序列后的Prum数据集结果图表
- Reddy_sup_figS4_genetic_code.pdf：遗传密码相关图表文件
- Reddy_sup_tableS1_evolutionary_rates.pdf：进化速率表文件
- 数据文件（.xlsx格式）：
- Reddy_sup_fileS4_EB2loci.xlsx：EB2数据集的基因座信息表
- Reddy_sup_fileS2_PrumLoci.xlsx：Prum研究的基因座信息表
- Reddy_sup_fileS3_EB2taxa.xlsx：EB2数据集的分类单元信息表
- 树文件（.tre格式）：
- Reddy_sup_fileS8_ASTRAL_nextrees.tre：ASTRAL软件生成的系统发育树文件
- Reddy_sup_fileS9_EB2noJAR_nextrees.tre：去除JAR序列后的EB2数据集系统发育树文件
- 其他文件：
- Reddy_sup_fileS11_backbone_trees.nex：系统发育主干树文件（NEXUS格式）
适用场景
- 系统发育基因组学研究：分析数据类型对系统发育树拓扑结构的影响机制
- 鸟类进化研究：探究新鸟亚纲早期分化节点的系统发育关系
- 分子进化模型优化：验证系统发育分析模型对不同数据类型的适用性
- 生物信息学方法比较：对比不同分类单元采样策略在系统发育分析中的效果
