数据集概述
本数据集包含Martinez-Rivas等人2025年发表于《Science Advances》的研究“Parallel Evolution of Salinity Tolerance in Arabidopsis thaliana Accessions from Cape Verde Islands”的相关数据与分析脚本，涉及表型、基因型、代谢物及测序数据处理等内容。
文件详解
该数据集包含15个文件，具体说明如下：
- 表型数据文件：
- 01.0.Phenoscope_phenotipic_data.tsv：TSV格式，包含表型数据
- 01.1.plot_phenoscope_data.r：R脚本，用于绘制表型数据
- 01.2.all_traits.averages.pdf：PDF格式，展示所有性状平均值的图表
- 基因型与QTL分析文件：
- 02.0.CvixCol_Genotypes.formatted_for_qtl.cM.csv：CSV格式，用于QTL分析的基因型数据（厘摩单位）
- 02.0.phenotypes.lme.format_RQTL.tsv：TSV格式，符合RQTL要求的表型数据
- 02.1.QTLs_full_analysis.r：R脚本，QTL全分析流程
- 02.2.all_QTLs.Effect.pdf：PDF格式，展示所有QTL效应的图表
- 代谢物数据文件：
- 03.0.Suppl_table.Metabolite_cc_for_all_RILs.tsv：TSV格式，所有重组自交系的代谢物相关系数表
- 03.1.obtain_coeff_from_metabolites.r：R脚本，从代谢物数据获取系数
- 测序数据与处理脚本：
- 04.0.filereport_read_run_PRJNA646494_tsv.txt等4个TSV文件：测序数据运行报告
- 04.1.autoaln.pl：Perl脚本，自动比对工具
- 04.2.select_chr3_from_bam.pl：Perl脚本，从BAM文件选择3号染色体数据
适用场景
- 植物遗传学研究：分析拟南芥盐度耐受性的遗传机制
- 数量性状位点（QTL）定位：研究植物耐盐相关性状的基因定位
- 代谢组学分析：探究代谢物与植物耐盐性的关联
- 生物信息学方法应用：复现或扩展测序数据分析流程
- 进化生物学研究：研究植物适应性进化的分子机制
