数据集概述
本数据集围绕北美西海岸奥林匹亚牡蛎（Ostrea lurida）的种群结构、遗传连通性及适应性展开，通过13,424个单核苷酸多态性（SNPs）分析其区域种群结构、基因流障碍及适应性分化，含中性位点与235个候选选择位点数据，覆盖从加州南部到温哥华岛的物种分布范围，共9个文件。
文件详解
- 配置与参数文件
- 文件名称：params-OL-s7filt45-c85-t10.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含项目目录、组装名称等分析参数配置信息
- 文件名称：params-nDemes600-SkI-ch3.ini
- 文件格式：INI
- 字段映射介绍：种群结构分析的参数配置文件
- 分层文件
- 文件名称：OL-c85t10-x45.strata
- 文件格式：strata
- 字段映射介绍：样本分层信息文件，用于种群结构分析的分组定义
- 基因型数据文件
- 文件名称：OL-c85t10-x45m75-maf025.recode.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含过滤后的中性位点基因型数据
- 文件名称：OL-c85t10-x45m75-maf025-outI2Union.recode.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含候选选择位点（outlier loci）的基因型数据
- 文件名称：OL-c85t10-x45m75-maf025-neutI2.recode.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含中性位点子集的基因型数据
- 序列文件
- 文件名称：OutlierLoci.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：候选选择位点的核苷酸序列数据
- 其他文件
- 文件名称：OL-s7filt45-c85-t10_outfiles.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：分析输出文件压缩包
- 文件名称：habitat.outer
- 文件格式：outer
- 字段映射介绍：栖息地相关的辅助数据文件
数据来源
论文“Population structure, genetic connectivity, and adaptation in the Olympia oyster (Ostrea lurida) along the west coast of North America”
适用场景
- 海洋生物种群结构研究: 分析奥林匹亚牡蛎区域种群划分及遗传连通性模式
- 适应性进化分析: 基于候选选择位点研究牡蛎对环境的适应性分化机制
- 海洋生物保护策略制定: 为受威胁牡蛎种群的恢复与管理提供遗传数据支持
- 海洋生物地理学研究: 验证海洋生物地理屏障（如门多西诺角、蒙特雷湾）对基因流的影响
- 遗传监测指标开发: 筛选适应性相关基因位点作为长期遗传监测的目标标记
