数据集概述
本数据集包含非洲南方傍人（Paranthropus robustus）的牙釉质蛋白序列、参考数据及序列分析结果，源于相关研究论文。数据涵盖原始未对齐序列、参考数据集及系统发育分析数据集与树结构，支持傍人种群的生物性别鉴定和遗传多样性研究。
文件详解
- Paranthropus_Raw_AA_Sequences_Unaligned文件夹
- 文件名称：Paranthropus_Unaligned.fasta、Paranthropus_Unaligned_UNFILTERED.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：前者为所有用于分析的傍人未对齐氨基酸序列；后者为筛选前的原始序列（未用于分析）。
- Reference_Datasets文件夹
- 文件名称：3个FASTA文件
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含至少一种分析中使用的参考数据集，样本来源和信息见论文补充文档。
- Phylogenetic_Analysis_Datasets_and_Trees文件夹
- 子文件夹1：Paranthropus_Alignments_All_Datasets，含3个子文件夹，每个子文件夹包含傍人与参考数据集的对齐及I/L校正多序列比对（MSA）
- 子文件夹2：Paranthropus_Diversity_Dataset_Trees_Results，含各蛋白质的对齐序列、系统发育树，CONCATENATED子文件夹含串联对齐序列与树，BEAST2-STARBEAST3子文件夹含Starbeast3分析文件（xml、日志、树、分类单元文件）
- 子文件夹3：Paranthropus_Representative_Dataset_Trees_Results，含各蛋白质的对齐序列、系统发育树，CONCATENATED子文件夹含串联对齐序列与树，BEAST2子文件夹含时间校准分析文件，Distance_Matrix子文件夹含距离矩阵及热图生成R脚本
- 子文件夹4：Paranthropus_Independent_Dataset_Trees_Results，含独立参考数据集分析用的nexus文件和树图
- 子文件夹5：Tree_Figures，含3个子文件夹及1个额外图，每个子文件夹对应一种参考数据集的系统发育树图
- 压缩文件
- 文件名称：Paranthropus_Suplementary.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含上述所有数据集及分析结果的压缩包
数据来源
论文“Enamel proteins reveal biological sex and genetic variability within southern African Paranthropus”
适用场景
- 古人类生物性别鉴定: 利用牙釉质蛋白序列特征分析傍人群体的生物性别组成
- 古人类遗传多样性研究: 通过序列比对与系统发育分析，探究傍人种群的遗传变异模式
- 古人类系统发育关系构建: 基于多序列比对和系统发育树，分析傍人与其他古人类的演化关系
- 牙釉质蛋白基因功能研究: 结合参考数据集，解析傍人牙釉质蛋白的基因功能与适应性进化
