数据集概述
本数据集为海星Patiria miniata卵表面精子结合素受体(EBR1)的结构与进化研究相关数据,包含6个雌性个体卵巢转录组的组装结果及说明文档,用于分析该受体的编码序列、蛋白结构域及种群间选择模式,揭示精卵识别分子的共进化机制。
文件详解
- README_for_Patiria_miniata_ovary_transcriptomes.txt
- 文件格式:TXT
- 字段映射介绍:说明压缩包内文件的来源与内容,包括6个卵巢转录组的组装方法(SeqMan NGEN 3.1从头组装)、测序数据类型(100bp双端Illumina reads,10或20百万条)、文件格式(fasta)及样本背景(6个雌性个体,含温哥华岛南部种群个体)。
- Patiria_miniata_ovary_transcriptomes.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:压缩包内包含6个fasta格式的转录组组装文件,对应6个Patiria miniata雌性个体的卵巢转录组,每个文件为单个样本的contig序列集合。
数据来源
论文“Structure and evolution of the sea star egg receptor for sperm bindin”
适用场景
- 精卵识别分子共进化研究: 分析EBR1与精子结合素的选择模式及种群分化关联。
- 海洋无脊椎动物受精机制研究: 探究海星卵表面受体的结构域功能与受精过程的分子基础。
- 转录组组装方法验证: 评估SeqMan NGEN在海洋生物非模式物种转录组数据中的组装效果。
- 种群遗传学分析: 利用两个地理种群的EBR1等位基因数据,研究正选择位点对生殖隔离的影响。