数据集概述
本数据集包含马铃薯晚疫病病原菌Phytophthora infestans T30-4菌株的效应分泌组注释信息，以及基因组组装和转录本注释文件。数据源自2009年公布的基因组序列，2015年起固定效应因子列表，采用PITG_xxxxx编号体系，可关联至GenBank组装版本GCA_000142945.1，支持植物病原菌效应蛋白的研究与分析。
文件详解
- 文件名称：phytophthora_infestans_t30-4_1_transcripts.gtf
- 文件格式：GTF
- 字段映射介绍：转录本注释文件，包含T30-4菌株转录本的结构信息，如基因位置、外显子区域等标准GTF格式字段。
- 文件名称：phytophthora_infestans_t30-4_1_supercontigs.fasta.zip
- 文件格式：ZIP（压缩Fasta文件）
- 字段映射介绍：压缩包内为T30-4菌株基因组超contig序列的Fasta文件，记录基因组的核苷酸序列信息。
- 文件名称：Pi_T30-4_effector_list_from_LC_Rev_989.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：效应因子注释列表，包含以PITG_xxxxx编号的候选效应蛋白信息，可关联至GenBank的基因组数据。
数据来源
论文“Genome sequence and analysis of the Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans”
适用场景
- 植物病原菌效应蛋白功能研究: 分析T30-4菌株效应分泌组的组成与特征，探究效应蛋白对宿主的致病机制。
- 马铃薯晚疫病防控靶点筛选: 基于效应因子列表识别潜在的抗病育种靶点或药物作用靶点。
- 基因组注释验证: 结合转录本GTF文件与基因组Fasta文件，验证或补充T30-4菌株的基因组注释信息。
- 植物-病原菌互作机制分析: 研究效应蛋白在病原菌与马铃薯互作过程中的角色与调控网络。
