数据集概述
本数据集包含库德里亚夫采夫毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)NCYC 4488菌株的预测蛋白编码基因、相关DNA编码序列及tRNA基因注释信息。蛋白编码基因通过Augustus v3.2.3结合酿酒酵母训练集预测,tRNA基因通过tRNAscan SE 2.0检测,共包含3个文件,为该菌株的基因功能研究提供基础数据。
文件详解
- 文件名称:Pk_4488_Proteins_Augustus.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:包含Pichia kudriavzevii NCYC 4488的预测蛋白序列,采用FASTA格式存储,每条序列以基因标识开头,后接氨基酸序列。
- 文件名称:Pk_4488_Coding sequences_Augustus.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:包含对应预测蛋白的DNA编码序列,采用FASTA格式存储,每条序列以基因标识开头,后接核苷酸序列。
- 文件名称:Pk_4488_tRNA Gene Annotation.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含tRNA基因的注释信息,具体字段未提供预览,但推测涵盖tRNA基因的位置、类型、反密码子等注释内容。
适用场景
- 基因功能注释研究: 分析Pichia kudriavzevii NCYC 4488的蛋白编码基因功能及tRNA基因分布特征。
- 比较基因组学分析: 与其他酵母菌株的基因注释数据对比,探究物种进化关系。
- 分子生物学实验设计: 为该菌株的基因克隆、表达验证等实验提供目标基因序列信息。
- 生物信息学工具验证: 用于评估基因预测工具(如Augustus)在非模式酵母中的注释准确性。