数据集概述
本数据集围绕六氯环己烷（HCH）污染场地富集的假单胞菌基因库展开，包含菌株RL的基因组测序数据及17个参考生态型的比较分析结果，结合污染场地宏基因组数据，探究假单胞菌泛基因组动态、代谢通路差异及水平基因转移机制，共含3个相关文件。
文件详解
- 系统发育树文件
- 文件名称：tree_treebase.nwk.nex、tree_treebase.nwk
- 文件格式：NEX、NWK
- 字段映射介绍：包含假单胞菌菌株的系统发育关系数据，用于展示菌株RL与17个参考生态型的进化亲缘关系。
- 序列比对文件压缩包
- 文件名称：Alignment Files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：压缩包内包含假单胞菌基因组序列的比对文件，支持基因序列的比较分析。
适用场景
- 微生物泛基因组动态研究: 分析HCH污染梯度下假单胞菌基因库的组成变化与环境适应性进化。
- 代谢通路差异分析: 探究不同假单胞菌菌株（如RL与XLDN-R）在α-亚油酸降解、咔唑降解等代谢通路的特异性富集机制。
- 水平基因转移机制研究: 基于密码子偏好性、G+C含量差异等数据，解析氮代谢、双组分系统等通路的水平基因转移进化过程。
- 环境胁迫响应分析: 结合整合子、转座子数据，研究HCH污染胁迫下假单胞菌可移动遗传元件的 mobilization 规律。
- 污染场地微生物生态评估: 利用宏基因组数据，评估HCH污染场地中整合子相关转座酶基因的原位富集特征。
