数据集概述
本数据集围绕全球海洋硅藻繁殖的保守遗传标记展开,包含基因模型、转录组分析、蛋白序列等多类生物数据,支持对硅藻繁殖相关遗传机制的研究,为理解硅藻繁殖的分子基础提供数据支撑。
文件详解
- README.txt:文档文件,说明数据集与研究论文的关联及各文件内容概述
- Markers_profile_HMMs.zip:压缩文件,可能包含遗传标记的隐马尔可夫模型(HMM)数据
- Marker_genes_protein_sequences.zip:压缩文件,含标记基因的蛋白质序列数据
- Curated_gene_models.zip:压缩文件,含硅藻(如Skeletonema marinoi)的校正基因模型fasta文件
- Comparative_transcriptomics.zip:压缩文件,含四种硅藻的差异表达分析及同源基因家族数据
- Ecotaxa_IFCB_observation_sheet.xlsx:Excel文件,可能为Ecotaxa平台的IFCB观测数据表
- Phylogenetic_selection.zip:压缩文件,含系统发育选择分析相关数据
- Tara_MAG_coexpression.zip:压缩文件,含Tara海洋宏基因组组装基因组(MAG)的共表达分析数据
- Scheldt_de_novo_transcriptome.zip:压缩文件,含Scheldt区域的从头转录组数据
适用场景
- 硅藻分子生物学研究:分析保守遗传标记与硅藻繁殖的关联机制
- 海洋生态学研究:探究全球海洋硅藻繁殖的分布特征及环境适应性
- 比较基因组学分析:通过转录组数据对比不同硅藻物种的基因表达差异
- 系统发育研究:基于基因序列数据构建硅藻的系统发育关系
- 宏基因组学应用:结合Tara MAG数据研究海洋微生物群落中硅藻的功能角色