数据集概述
本数据集包含夏威夷Myrsine属(报春花科)辐射进化的RADseq和Sanger测序系统发育分析结果,涉及近全部夏威夷Myrsine物种及全球Myrsine属和近缘属样本。数据支持夏威夷Myrsine单系性、三大分支结构的结论,并提供杂交事件的分子证据,共四十四份文件。
文件详解
- 系统发育树文件
- 文件名称:RAxML_bipartitions_.treeout、ExaBayes_ConsensusExtendedMajorityRuleNexus.EB_.tre
- 文件格式:TRE、TREEOUT
- 字段映射介绍:包含RAxML和ExaBayes构建的系统发育树结果,记录分支支持度、物种分类关系等信息
- 杂交分析文件
- 文件名称:mHyDe-out.txt、mHyDe_filtered.xlsx
- 文件格式:TXT、XLSX
- 字段映射介绍:包含HyDe分析结果,涉及P1、Hybrid、P2、Zscore、Pvalue、Gamma等杂交相关统计字段
- 序列比对文件
- 文件名称:ETS_alignment.nex、ITS_alignment.nex
- 文件格式:NEX
- 字段映射介绍:包含ETS和ITS序列的比对数据,用于系统发育分析的基础输入
- 可视化辅助文件
- 文件名称:m*_QS.labeled.tre.figtree
- 文件格式:FIGTREE
- 字段映射介绍:Quartet Sampling分析结果的可视化文件,支持FigTree软件查看
数据来源
论文“RADseq resolves the Hawaiian Island radiation of Myrsine L. (Primulaceae) and provides evidence for hybridization”
适用场景
- 植物系统发育研究: 分析Myrsine属的分类关系、单系性及夏威夷辐射进化的分支结构
- 杂交事件验证: 利用HyDe分析结果探究Myrsine属内的杂交模式与分子证据
- 物种演化历史重建: 结合RADseq和Sanger测序数据解析夏威夷Myrsine的演化时间线与地理分布
- 分子系统学方法应用: 对比不同算法(RAxML、ExaBayes)构建系统发育树的差异与可靠性
- 植物生物地理学分析: 研究夏威夷Myrsine三大分支的地理分布格局(如 Kauaʻi特有分支与广布种分支的分化)