RADseq_Data_from_Hawaiian_Myrsine辐射进化系统发育与杂交分析数据集

数据集概述

本数据集包含夏威夷Myrsine属(报春花科)辐射进化的RADseq和Sanger测序系统发育分析结果,涉及近全部夏威夷Myrsine物种及全球Myrsine属和近缘属样本。数据支持夏威夷Myrsine单系性、三大分支结构的结论,并提供杂交事件的分子证据,共四十四份文件。

文件详解

  • 系统发育树文件
  • 文件名称:RAxML_bipartitions_.treeout、ExaBayes_ConsensusExtendedMajorityRuleNexus.EB_.tre
  • 文件格式:TRE、TREEOUT
  • 字段映射介绍:包含RAxML和ExaBayes构建的系统发育树结果,记录分支支持度、物种分类关系等信息
  • 杂交分析文件
  • 文件名称:mHyDe-out.txt、mHyDe_filtered.xlsx
  • 文件格式:TXT、XLSX
  • 字段映射介绍:包含HyDe分析结果,涉及P1、Hybrid、P2、Zscore、Pvalue、Gamma等杂交相关统计字段
  • 序列比对文件
  • 文件名称:ETS_alignment.nex、ITS_alignment.nex
  • 文件格式:NEX
  • 字段映射介绍:包含ETS和ITS序列的比对数据,用于系统发育分析的基础输入
  • 可视化辅助文件
  • 文件名称:m*_QS.labeled.tre.figtree
  • 文件格式:FIGTREE
  • 字段映射介绍:Quartet Sampling分析结果的可视化文件,支持FigTree软件查看

数据来源

论文“RADseq resolves the Hawaiian Island radiation of Myrsine L. (Primulaceae) and provides evidence for hybridization”

适用场景

  • 植物系统发育研究: 分析Myrsine属的分类关系、单系性及夏威夷辐射进化的分支结构
  • 杂交事件验证: 利用HyDe分析结果探究Myrsine属内的杂交模式与分子证据
  • 物种演化历史重建: 结合RADseq和Sanger测序数据解析夏威夷Myrsine的演化时间线与地理分布
  • 分子系统学方法应用: 对比不同算法(RAxML、ExaBayes)构建系统发育树的差异与可靠性
  • 植物生物地理学分析: 研究夏威夷Myrsine三大分支的地理分布格局(如 Kauaʻi特有分支与广布种分支的分化)
packageimg

数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 5.79 MiB
最后更新 2026年1月7日
创建于 2026年1月7日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。