Relate量化正选择分析示例数据集

数据集概述

本数据集提供了一个完整的示例,展示如何使用Relate工具对1000 Genomes Project中CEU样本的LCT基因区域进行正选择分析。通过构建Relate树并利用RelateSelection模块,计算每个SNP的p值以量化其竞争优势。

文件详解

该数据集包含两个文件,具体说明如下: - 文件名称: relate_1000G_LCT.tgz - 文件格式: TGZ压缩包 (.tgz) - 内容说明: 包含1000 Genomes CEU样本LCT基因区域的相关数据,用于运行Relate正选择分析的示例素材。 - 文件名称: plot_manh.pdf - 文件格式: PDF文档 (.pdf) - 内容说明: 可能为曼哈顿图(Manhattan plot)结果文件,用于可视化正选择分析的p值分布。

适用场景

  • 群体遗传学研究: 研究人类基因组中特定基因(如LCT基因)的正选择信号,分析自然选择对基因演化的影响。
  • 生物信息学方法验证: 验证Relate工具在正选择分析中的应用流程与结果可靠性。
  • 演化生物学教学: 作为教学案例,展示如何利用计算工具量化基因的适应性进化优势。
  • 医学遗传学研究: 分析与疾病相关基因的选择压力,为理解遗传变异的医学意义提供数据支持。
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 83.6 MiB
最后更新 2025年12月19日
创建于 2025年12月19日
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