数据集概述
本数据集是人类诱导多能干细胞(hiPSC)的3D免疫荧光图像微型测试集,包含1个通道(DAPI核染色)、2个视野各2个Z层的图像,以及元数据文件和Fractal标准处理工作流,用于Fractal分析平台测试。
文件详解
- 图像文件(PNG格式,共4个):
- 20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1_B03_T0001F001L01A01Z01C01.png、20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1_B03_T0001F001L01A01Z02C01.png、20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1_B03_T0001F002L01A01Z01C01.png、20200812-CardiomyocyteDifferentiation14-Cycle1_B03_T0001F002L01A01Z02C01.png:均为40倍放大的免疫荧光图像,包含1个DAPI核染色通道,每个视野对应2个Z层。
- 元数据文件:
- MeasurementData.mlf:Yokogawa CV7000显微镜采集的测量数据元文件
- MeasurementDetail.mrf:Yokogawa CV7000显微镜采集的测量详情元文件
- 工作流文件:
- fractal_example_workflow.json:Fractal平台的标准处理工作流文件,包含
name(工作流名称)和task_list(任务列表)两个核心字段
数据来源
Pelkmans lab
适用场景
- 生物图像处理算法测试:用于验证Fractal等平台对3D免疫荧光图像的处理能力
- 干细胞成像技术研究:分析hiPSC核染色图像的采集参数与成像质量关系
- 显微镜元数据分析:探究Yokogawa CV7000设备输出元数据的结构与应用
- 计算生物学工作流开发:基于示例JSON文件构建或优化细胞图像分析流程