数据集概述
该数据集包含SLAFEEL统计学习方法的R分析脚本及格式化数据，用于从深度测序数据推断流行病学关联。脚本覆盖猪流感、埃博拉、婆罗门参马铃薯Y病毒三个案例研究，数据为对应病毒的格式化测序数据与元数据。
文件详解
该数据集包含R脚本、RDS数据文件和压缩包，具体说明如下：
- R脚本文件（.r格式）：
- functions.R：包含计算所需的R函数
- influenza.R、ebola.R、potyvirus.R：各案例研究的分析实现脚本
- influenza-format-genomic-data.R：数据格式化示例脚本
- RDS数据文件（.rds格式）：
- potyvirus.rds：婆罗门参马铃薯Y病毒数据
- swine-influenza_naive-chain.rds：猪流感病毒 naive 链数据
- swine-influenza_vaccinated-chain.rds：猪流感病毒 vaccinated 链数据
- 压缩包文件（.zip格式）：
- ebolaRDS.zip：压缩的埃博拉病毒RDS数据文件
- influenza-raw-genomic-data.zip：猪流感原始基因组数据压缩包
数据来源
ANR SMITID项目（2016-2020，编号ANR-16-CE35-0006）
适用场景
- 流行病学研究：从深度测序数据推断人、动物或植物疾病的传播链与关联
- 病毒进化分析：结合统计学习方法分析猪流感、埃博拉等病毒的基因组进化特征
- 生物信息学方法验证：复现SLAFEEL方法在不同病毒案例中的应用效果
- 数据格式化参考：学习深度测序数据用于流行病学关联分析的预处理流程
