数据集概述
本数据集基于289个样本的高通量测序数据，覆盖75个有鳞目科，用于分析其系统发育关系、估算分化时间及评估拓扑不确定性。重点验证传统形态学分类群（如Scleroglossa和Macrostomata）的基因组支持度，探讨基因树与物种树不一致的原因，包含23个相关文件。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：Fig_S1_Phylogenetic Informativeness.docx、Fig_S2_NN_Model.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含系统发育信息分析图表、机器学习模型相关图表等可视化内容
- 表格类文件
- 文件名称：Table_S2_Calibration_points_for_Squamata_phylogeny.xlsx、Table_S1_SquamateAssemblySummary.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：含校准点信息、有鳞目样本组装摘要等结构化数据
- 代码类文件
- 文件名称：Data_S12_All_Code_Squamate_Monophyly-Multicolinearity_STATS.R
- 文件格式：R
- 字段映射介绍：用于系统发育分析的统计代码
- 序列与模型文件
- 文件名称：Data_S3_Concatenated_partitioned_models.nex（NEX格式）、Data_S2_Concatenated_Squam_Concatenated.phy（PHY格式）
- 字段映射介绍：含串联分区模型、串联序列数据
- 树文件
- 文件名称：Data_S7_Tree_4_Squam_IQ_Concat_Part_BS_SH.treefile
- 文件格式：treefile
- 字段映射介绍：系统发育树结构数据
- 文本数据文件
- 文件名称：Data_S19_NN_Test_Data_Anil_Dib_Tox.txt等
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：含基因位点名称、分类群支持度、一致性因子等数据字段（如Locus_Names_New、Toxicofera_site_Conc_Factor）
- 压缩文件
- 文件名称：Data_S1_Aligned_AHA genomic_data_for tree_order.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：对齐的基因组数据压缩包
数据来源
论文“Interrogating genomic-scale data for Squamata (lizards, snakes, and amphisbaenians) shows no support for key traditional morphological relationships”
适用场景
- 有鳞目系统发育研究: 分析蜥蜴、蛇、蚓螈的系统发育关系及分化时间
- 基因组数据系统发育方法验证: 评估基因组数据对传统形态学分类群的支持度
- 基因树与物种树不一致性分析: 探究不完全谱系分选、基因树估计误差等导致的拓扑冲突
- 机器学习在系统发育中的应用: 利用神经网络等技术分析基因组位点的系统发育信息
- 爬行动物进化生物学研究: 探讨有鳞目在中生代的起源与多样化过程
