数据集概述
本数据集为地中海蓝山雀栖息地种群基因组分化研究数据，包含197个个体的12106个SNP位点信息，通过RAD-Seq技术分析落叶与常绿橡树林栖息地种群的遗传结构，揭示地理距离与栖息地类型对遗传变异的影响，支持表型-基因型关联研究。
文件详解
- 原始未过滤SNP数据文件
- 文件名称：Szulkin_Blue_Tit_raw_unfiltered_209K_SNPs_from_Stacks_maf1.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：来自Stacks的原始未过滤SNP数据，包含209K个位点，最小等位基因频率（maf）为1。
- 工作数据集SNP文件
- 文件名称：Szulkin_Blue_Tit_working_dataset_MAF0.02_callrate0.9.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：经过过滤的工作数据集，最小等位基因频率（MAF）为0.02，基因分型成功率（callrate）为0.9。
- 样本详情文件
- 文件名称：szulkin_blue_tit_sample_details.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含197个样本的详细信息，支持样本背景与实验设计的关联分析。
- 共识序列文件
- 文件名称：List_19760_Consensus_RAD_Stacks_1_80.fa
- 文件格式：FA
- 字段映射介绍：RAD-Seq测序的共识序列文件，来自Stacks分析流程，包含19760条序列。
数据来源
论文“Population genomic footprints of fine-scale differentiation between habitats in Mediterranean blue tits”
适用场景
- 种群遗传学研究：分析地中海蓝山雀栖息地间的遗传分化模式，探究地理距离与环境异质性的影响。
- 进化生物学分析：研究表型分化与基因组变异的关联，支持表型-基因型关联研究。
- 环境适应性机制研究：通过栖息地类型与基因组变异的关联，揭示蓝山雀对异质环境的适应机制。
- 基因组数据处理方法验证：对比原始与过滤后的SNP数据集，评估不同过滤参数对种群遗传分析结果的影响。
