数据集概述
本数据集围绕海洋桡足类加州哲水蚤（Tigriopus californicus）的异域进化展开，包含转录组全基因组分化与多态性的分析数据。通过对不同分化阶段的种群进行比较，探究非适应性过程（如遗传漂变）与适应性进化对基因组分化模式的影响，揭示进化在基因层面的可预测性。数据集含16个文件，涵盖说明文档与压缩包两类。
文件详解
- 说明文档（document_files）
- 文件名称：README_for_tree_files.rtf、README_for_alignments.rtf、README_for_cov8_samtools.rtf、README_for_de_novo_assemblies.rtf、README_for_dN_dS_omega.rtf、README_for_DoS.rtf、README_for_gene_expression.rtf、README_for_p_distances.rtf
- 文件格式：RTF
- 字段映射介绍：各文件分别对应树文件、序列比对、覆盖度分析、从头组装、非同义/同义突变率、选择差异度、基因表达、遗传距离等分析模块的说明文档，提供数据背景、分析方法及结果解释。
- 压缩包（archive_files）
- 文件名称：alignments.zip、cov8_samtools.zip、de_novo_assemblies.zip、DoS.zip、gene_expression.zip、p_distances.zip、dN_dS_omega.zip、tree_files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：各压缩包对应上述说明文档的原始数据或分析结果，包含序列比对文件、覆盖度统计数据、转录组从头组装结果、选择差异度计算数据、基因表达量数据、遗传距离矩阵、非同义/同义突变率分析结果及进化树文件等。
数据来源
论文“Transcriptome-wide patterns of divergence during allopatric evolution”
适用场景
- 进化生物学研究: 分析加州哲水蚤异域种群转录组分化模式，探究遗传漂变与适应性进化的作用机制。
- 分子进化分析: 利用dN/dS比值、选择差异度等数据，识别种群分化过程中受正选择的基因。
- 种群遗传学研究: 通过遗传距离、共享多态性衰减规律，揭示种群分化的动态过程及有效种群大小的影响。
- 功能基因组学研究: 结合基因表达数据，分析分化基因的功能富集，探讨代谢相关蛋白在进化中的核心作用。
