数据集概述
本数据集包含实验室重测序的Xcc菌株BrA1基因组拼接contigs、基因组注释文件,以及铜胁迫转录组研究中通过Trinity从头组装的差异表达基因(DEG)转录本。数据来自Behlau et al 2017的菌株,采用混合RNA-seq分析流程生成,共包含5个文件,支持Xcc菌株基因功能与铜胁迫响应机制研究。
文件详解
- 附录文件(Appendix)
- 文件名称:Appendix 6.3-6.8.xlsx、Appendix 7.1.xlsx
- 文件格式:XLSX
- 字段映射介绍:包含铜胁迫转录组研究相关的补充数据,具体字段需参考文件内容(无预览信息)
- 基因组注释文件
- 文件名称:Xcc_BrA1_Genome_Annotation.xls
- 文件格式:XLS
- 字段映射介绍:Xcc BrA1菌株基因组的注释信息,具体字段需参考文件内容(无预览信息)
- 基因组序列文件
- 文件名称:Xcc_BrA1_Genome_MultiFasta.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:Xcc BrA1菌株重测序后的基因组拼接contigs序列
- 转录组DEG文件
- 文件名称:Trinity_BrA1_DEG.fasta
- 文件格式:FASTA
- 字段映射介绍:铜胁迫条件下通过Trinity从头组装的差异表达基因转录本序列
适用场景
- 微生物基因组学研究: 分析Xcc BrA1菌株的基因组结构与基因注释信息
- 铜胁迫响应机制研究: 通过差异表达基因转录本数据,探究Xcc菌株对铜胁迫的分子响应
- 转录组数据分析: 基于混合RNA-seq流程结果,开展差异表达基因功能富集与调控网络分析
- 微生物抗逆性研究: 结合基因组与转录组数据,解析Xcc菌株的环境胁迫适应机制