数据集概述
本数据集为研究洪都拉斯Yojoa湖（热带单混合湖泊）主导氮代谢途径的基因组解析宏转录组数据，包含2021年6月（分层期）和2022年1月（混合期）的采样数据，涵盖微生物基因组组装（MAGs）、基因表达、地球化学及深度剖面信息，用于揭示温暖缺氧条件下的氮循环机制。
文件详解
- 基因组组装与注释文件
Yojoa_572_MAGs_scaffolds.fna.zip：ZIP格式，含572个去重复MAGs的 scaffolds序列Yojoa_572_MAGs_annotations.tsv.zip：ZIP格式，含572个去重复MAGs的DRAM注释信息（TSV格式）YojoaMasterSheet_final.xls：XLS格式，MAG清单，含登录号及质量统计数据- 基因系统发育树文件
bipartitionsBranchLabels.nxr_nar_for_tree_aligned.fasta_mode_low.renamed：FASTA衍生格式，nar/nxr基因的系统发育树bipartitionsBranchLabels.amo_pmo_fortree_aligned.fasta_mode_low.renamed：FASTA衍生格式，amo/pmo基因的系统发育树- 宏转录组表达文件
MetaT_norm.counts.rpk_edger.bins_mean.csv：CSV格式，宏转录组数据中每个bin的平均geTMM值MetaT_geTMM_norm.counts.rpk_edger_genes.csv：CSV格式，宏转录组数据中每个基因的geTMM值- 环境参数文件
geochem_data_Yojoa.csv：CSV格式，各采样点地球化学数据，含NH4+、NO3-、总磷（TP）、溶解有机碳（DOC）profile_data_Yojoa.csv：CSV格式，各采样点深度剖面数据，含温度、溶解氧测量值
数据来源
论文“Dominant nitrogen metabolisms of a tropical monomictic lake identified using genome resolved metatranscriptomics”
适用场景
- 湖泊氮循环机制研究：分析热带单混合湖泊温暖缺氧条件下的主导氮代谢途径（如DNRA）
- 微生物组代谢功能分析：通过MAGs注释及基因表达数据，探究湖泊微生物的氮代谢功能潜力
- 环境因子与微生物互作研究：结合地球化学、深度剖面与基因表达数据，揭示环境参数对氮代谢的调控作用
- 氮循环基因进化分析：利用nar/nxr、amo/pmo基因系统发育树，研究氮代谢基因的进化关系
- 全球变化下湖泊生态响应预测：基于温暖缺氧环境的氮循环特征，预测气候变化对热带湖泊生态系统的影响
