数据集概述
本数据集包含论文“TP53 loss with whole genome doubling mediates heterogeneous intra-patient therapy response through Chromosomal Instability”的处理数据，涉及E/EP小鼠肿瘤和PC9耐药细胞系的拷贝数谱及相关分析数据，可支持肿瘤异质性与治疗响应机制研究，共含23个文件。
文件详解
- 核心数据文件
- 文件名称：cell.descriptions.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含cell.group（细胞组）、mouse（小鼠编号）、tx.status（治疗状态）、p53.status（p53状态）、somy（染色体数目）、cell（细胞编号）、GII/wGII（基因组不稳定性指数）、FLOH/wFLOH（杂合性缺失频率）等细胞描述字段
- 文件名称：PC9relativeCN.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含PC9细胞系样本编号（如S_PC9A15_SU_D9）的相对拷贝数数据
- 文件名称：PC9_Corrected_ploidies_4.11.2020.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：PC9细胞系校正后的倍性数据
- 基因与突变数据文件
- 文件名称：drivermutations.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：驱动基因突变相关数据
- 文件名称：COSMIC_19_35_00_2021.tsv
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含Gene Symbol（基因符号）、Genome Location（基因组位置）、Role in Cancer（癌症中的作用）等COSMIC数据库基因信息
- 压缩数据文件
- 文件名称：Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz、PC9-losses-frequencies.tsv.gz、cells-copynumbers.tsv.gz等13个.gz文件
- 文件格式：GZ
- 字段映射介绍：包含小鼠基因组注释、PC9细胞拷贝数缺失频率、细胞拷贝数谱等压缩数据
数据来源
zaccaria-lab GitHub仓库（https://github.com/zaccaria-lab/TP53loss_WGD）
适用场景
- 肿瘤异质性机制研究：分析TP53缺失与全基因组加倍（WGD）介导的肿瘤内治疗响应异质性
- 染色体不稳定性分析：通过拷贝数谱数据研究染色体不稳定性对治疗响应的影响
- 耐药细胞系机制研究：利用PC9耐药细胞系数据探索肿瘤耐药的分子机制
- 生物信息学模型构建：基于单细胞拷贝数与细胞描述数据构建肿瘤治疗响应预测模型
- 基因功能关联分析：结合COSMIC数据库基因信息分析驱动基因在肿瘤治疗中的作用
